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求教一个B类错误
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PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 - H3OB ... ? -------------------------------------------------------------------------------- PLAT420 Type_2 Test for D-H without acceptor -------------------------------------------------------------------------------- Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated position pointing in the wrong direction. 我看了下对于错误的描述，大体意思是说： 通常用氢键标准来判断 D-H 有没有受体。氢键受体必须潜在。对OH和常见的 -NH 和 -NH2很少有例外。通常出现的错误是-OH 上氢键指向有误。 我用命令查看了下氢键数据： Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O2-H2OA 0.809 2.062 178.66 2.871 N3 [ -x+1, -y+2, -z+1 ] O2-H2OB 0.817 1.980 171.89 2.791 O4 O3-H3OA 0.857 1.985 165.30 2.822 O2 [ -x+1, -y+1, -z+1 ] O3-H3OB 0.790 2.197 159.09 2.949 N6 O4-H4OA 0.775 1.987 170.35 2.754 O5 [ -x+1, -y+1, -z+1 ] O4-H4OB 0.886 1.880 171.57 2.759 O5 [ x, y, z+1 ] O5-H5OA 0.748 1.987 166.65 2.720 O6 [ x+1, y, z-1 ] O5-H5OB 0.824 1.995 170.20 2.810 N4 [ x, y-1, z ] O6-H6OA 0.846 1.969 174.01 2.812 O4 O6-H6OB 0.844 2.023 169.50 2.857 N5 [ -x+1, -y+1, -z+1 ] 向虫友们请教这个问题，该如何解决。不甚感谢 |
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