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yunyatou

金虫 (小有名气)

[交流] 几个晶体错误,大家帮忙出出主意哈,谢谢!!!

我的CIF 检查时部分晶体错误如下:
1、         The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
            However values have been given for Tmin and Tmax. Remove
            these if an absorption correction has not been applied.
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_min   0.972
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_max   0.986
2、      Large U3/U1 Ratio for Average U(i,j) Tensor ....       2.42  
3、      Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C1     -   C2     ...       1.53 Ang.
4、      No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
5、
PLAT128_ALERT_4_G Non-standard setting of Space-group P21/c   ....      P21/n

大家看看怎么改,出出主意,谢谢! 下面是check时的结果:

Calculated Reported
Volume 860.42(12)  860.41(12)
Space group P 21/n  P2(1)/n  
Hall group -P 2yn  ?  
Moiety formula C9 H9 N O4  C9 H9 N O4  
Sum formula C9 H9 N O4  C9 H9 N O4  
Mr 195.17 195.17  
Dx,g cm-3 1.507 1.507  
Z 4 4  
Mu (mm-1) 0.120 0.120  
F000 408.0 408.0
F000' 408.25   
h,k,lmax 9,14,11 9,14,11
Nref 1521  1515  
Tmin,Tmax 0.977,0.986 0.972,0.986
Tmin' 0.972  
Correction method= NONE  
Data completeness= 0.996 Theta(max)= 25.040
R(reflections)= 0.0385( 1392) wR2(reflections)= 0.1074( 1515)
S = 1.071 Npar= 129
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tf19840921

铁虫 (初入文坛)

~~~

★ ★
yunyatou(金币+1,VIP+0): 11-25 16:10
paopaomeng(金币+1,VIP+0): 谢谢交流 11-25 17:39
1.是不是没有在ins文件中添加size xx xx xx
2.是不是有无序原子造成的,或者有原子指认错误
3.是不是需要在ins文件中固定键长,DFIX 1.45 0.01 C1 C2,改到合适位置
4.是不是cif中没填写空间群
5.是不是现在空间群不正确,需要用PLATON软件检查并转化下
都是我个人的看法,不一定很适用,你可以参考下~~
2楼2009-11-25 10:28:35
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dongyang5028

金虫 (正式写手)

★ ★
yunyatou(金币+1,VIP+0): 11-25 16:10
paopaomeng(金币+1,VIP+0): 谢谢交流 11-25 17:40
最重要析是你没有XICF,XICF后再CHECK,按照提示改一下.
2和3的错误就是数据本身的了,3按照楼上的提示,修一下就没有了.2就是数据本身的问题了.你可以做一下处理,SIMU试试.
3楼2009-11-25 11:59:00
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jehugu

★ ★
yunyatou(金币+1,VIP+0): 11-25 16:10
paopaomeng(金币+1,VIP+0): 谢谢交流 11-25 17:40
1、         The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
            However values have been given for Tmin and Tmax. Remove
            these if an absorption correction has not been applied.
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_min   0.972
  From the CIF: _exptl_absorpt_correction_T_max   0.986
2、      Large U3/U1 Ratio for Average U(i,j) Tensor ....       2.42  
3、      Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C1     -   C2     ...       1.53 Ang.
4、      No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
5、
PLAT128_ALERT_4_G Non-standard setting of Space-group P21/c   ....      P21/n


1 是说你填写了“none” 意味着没有做吸收校正。 而你还给出了Tmin 和Tmax 又显然是做了校正的。
2 U3/U1 Ratio for Average U(i,j) Tensor ....       2.42   是U3:U1 不合适,需要进一步处理。 不知道是某一个原子还是全部的原子,你给出的信息不全。
3 CCbondlength 太长 dfix C* C8 ....
4 填上。
5 未必需要改。 如果会的话可以转化晶胞。
4楼2009-11-25 12:19:34
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