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fengwenbin

铜虫 (初入文坛)

[交流] 帮忙设计引物 产物100-500,超过九十分的60币

ATGTTCAAGGGGCTGAGCAAAGGCTCCCAGGGGAAGGGGTCCCCCAAGGGCTCCCCCGCCAAGGGGTCCCCCAAAGGCTCCCCCAGCAGGCACAGCCGGGCTGCCACCCAGGAGCTGGCCCTTCTCATCTCCCGCATGCAAGCCAACGCCGACCAGGTGGAGCGGGACATCCTGGAGACGCAGAAGAGGCTGCAGCAGGACCGGCTGAACAGTGAGCAGAGCCAGGCCCTGCAGCACCAGCAGGAGACGGGCCGCAGCCTGAAGGAGGCTGAGGTGCTGCTCAAGGACCTCTTCCTGGACGTGGACAAGGCCCGGCGGCTCAAGCACCCGCAGGCTGAGGAGATTGAGAAGGACATCAAGCAGCTGCACGAGCGGGTGACCCAGGAGTGTGCGGAGTACCGTGCCCTGTACGAGAAGATGGTGCTGCCCCCCGACGTGGGACCCAGGGTCGACTGGGCACGCGTGCTGGAGCAGAAACAGAAGCAGGTCTGCGCAGGCCAGTACGGGCCGGGCATGGCGGAGCTGGAGCAACAGATCGCCGAGCACAACATCCTGCAGAAGGAGATCGACGCCTATGGGCAGCAGCTGCGGAGCCTCGTGGGGCCGGATGCAGCCACCATCCGGAGCCAATACCGAGACCTACTGAAGGCGGCGTCGTGGCGCGGGCAGAGCCTGGGCAGCCTGTACACGCACCTCCAGGGCTGCACGCGGCAGCTGAGCGCCCTGGCTGAGCAGCAGCGCCGCATCCTGCAGCAGGACTGGAGCGACCTCATGGCCGACCCTGCGGGCGTGCGGCGGGAGTACGAGCACTTCAAGCAGCACGAGCTGCTGAGCCAGGAGCAGAGCGTGAACCAGCTGGAGGACGACGGCGAGCGCATGGTGGAGCTGCGGCACCCCGCGGTGGGGCCCATCCAGGCCCACCAGGAGGCCCTGAAGATGGAGTGGCAGAACTTCCTGAACCTGTGTATCTGCCAGGAGACCCAGCTGCAGCACGTGGAGGACTACCGCCGGTTCCAGGAAGAGGCCGACTCAGTCAGCCAGACCCTGGCGAAGCTCAACTCCAACTTGGATGCCAAGTACAGCCCTGCACCTGGGGGCCCCCCTGGCGCCCCCACAGAGCTGCTGCAACAGCTGGAGGCAGAGGAAAAACGGCTGGCCGTCACCGAGAGGGCCACTGGGGACCTGCAGCGGCGAAGCCGGGATGTGGCCCCTCTGCCACAGCGAAGAAACCCCCCTCAGCAGCCCCTGCACGTGGACAGCATCTGCGACTGGGACTCAGGAGAAGTGCAGCTGCTGCAGGGTGAGCGGTATAAGCTGGTAGATAACACTGACCCGCACGCCTGGGTCGTGCAGGGCCCTGGCGGGGAGACCAAGCGTGCTCCCGCCGCCTGCTTCTGCATCCCAGCACCAGACCCTGATGCTGTGGCCAGGGCCTCCCGGCTGGCCTCAGAGCTGCAGGCCCTGAAGCAGAAATTGGCCACAGTCCAGAGCCGCCTGAAGGCCAGTGCTGTGGAGTCTCTTCGGCCCAGCCAGCAGGCTCCATCTGGCTCAGACCTGGCCAACCCACAGGCCCAGAAGCTCCTGACACAGATGACCCGGCTGGATGGAGACCTGGGACAGATAGAGAGGCAGGTGCTGGCCTGGGCGCGGGCCCCGCTGAGCCGCCCCACACCCTTGGAGGACTTGGAGGGCCGCATCCACAGCCATGAGGGCACAGCCCAGCGCCTGCAGAGCCTGGGAACGGAGAAGGAGACAGCCCAGAAGGAGTGCGAGGCGTTTCTGTCCACGCGGCCCGTGGGCCCCGCTGCCCTGCAGCTGCCCGTAGCCCTCAACAGCGTGAAGAACAAGTTCAGTGACGTGCAGGTTCTGTGCAGCCTCTACGGGGAGAAAGCCAAGGCTGCCCTGGATCTGGAGCGGCAGATCCAGGATGCGGACAGGGTCATCCGAGGCTTCGAGGCCACCCTGGTGCAGGAGGCCCCCATCCCTGCTGAACCGGGGGCTCTGCAGGAGAGGGTCAGCGAGCTGCAGCGCCAGCGGAGGGAGCTGCTGGAACAGCAGACCTGCGTGCTGCGGCTACACCGCGCGCTGAAGGCCTCGGAGCACGCATGCGCTGCCCTGCAGAACAACTTCCAGGAGTTCTGCCAAGACCTGCCTCGCCAGCAGCGCCAGGTGCGAGCCCTCACCGACCGCTACCACGCCGTAGGGGACCAGCTGGACCTGCGGGAGAAGGTGGTGCAGGATGCCGCCCTCACCTACCAGCAGTTCAAGAACTGCAAGGATAACCTGAGCTCCTGGCTGGAGCACCTGCCCCGCAGCCAGGTGCGGCCCAGCGACGGCCCCAGCCAGATCGCCTACAAGCTGCAGGCGCAGAAGAGGCTGACGCAGGAGATCCAGAGCCGAGAGCGGGACAGGGCCACAGCATCCCACCTCTCCCAGGCCCTGCAGGCAGCGCTCCAGGACTATGAGCTCCAGGCAGACACCTACCGCTGCTCTTTGGAGCCCACCCTGGCAGTGTCAGCCCCCAAGAGACCCCGAGTGGCTCCCCTGCAAGAGAGCATCCAAGCCCAGGAGAAGAACCTTGCAAAGGCCTATACTGAGGTTGCAGCAGCACAGCAGCAGCTGCTCCAGCAGCTGGAGTTTGCTAGAAAAATGCTGGAGAAGAAGGAGCTCAGTGAGGACATCCGAAGGACCCATGATGCAAAGCAGGGCTCCGAGAGCCCTGCCCAAGCAGGGAGAGAGTCAGAGGCCCTGAAGGCCCAGCTGGAAGAGGAGAGGAAGCGGGTGGCCCGGGTGCAGCATGAGCTGGAGGCGCAGAGGAGCCAACTGCTGCAGCTGAGGACCCAGCGGCCCTTGGAGAGGCTGGAGGAGAAGGAAGTGGTAGAGTTCTACCGGGACCCCCAGCTGGAGGGCAGCCTGTCCAGGGTGAAGGCCCAGGTGGAGGAGGAGGGCAAGCGGCGGGCTGGCCTGCAGGCAGACCTGGAAGTGGCAGCCCAGAAGGTCGTGCAGCTGGAAAGCAAGAGGAAGACCATGCAGCCTCATCTGCTGACCAAGGAGGTCACCCAGGTGGAGAGGGACCCCGGCCTGGACAGCCAGGCGGCCCAGCTCAGGATCCAGATCCAGCAGCTCCGCGGGGAGGATGCCGTCATCTCGGCCCGGCTGGAAGGGCTGAAGAAGGAGCTACTGGCCCTTGAGAAGAGGGAGGTGGACGTGAAGGAGAAGGTCGTGGTGAAAGAGGTAGTCAAGGTGGAGAAGAATCTGGAAATGGTCAAGGCAGCCCAGGCTCTGAGGCTGCAGATGGAGGAGGATGCTGCGCGGAGGAAGCAGGCGGAGGAGGCTGTGGCCAAGCTACAGGCTCGCATCGAAGACCTGGAGCGGGCTATCAGCTCGGTGGAGCCCAAGGTCATCGTGAAGGAGGTGAAGAAGGTGGAGCAGGACCCAGGGCTCCTCCAGGAGTCCTCCAGGCTGAGGAGCCTCCTCGAGGAGGAGAGGACCAAGAACGCGACGCTGGCCAGGGAGCTGAGCGACCTGCACAGCAAGTACAGCGTGGTGGAGAAGCAGAGGCCCAAAGTGCAGCTCCAGGAGCGCGTCCACGAGATCTTCCAGGTGGATCCGGAGACAGAGCAGGAGATCACTCGGCTCAAGGCCAAGCTGCAGGAGATGGCGGGCAAGAGGAGCGGTGTGGAGAAGGAGGTGGAGAAGCTGCTGCCCGACCTGGAGGTCCTGCGGGCCCAGAAGCCCACGGTGGAGTACAAGGAGGTGACCCAGGAGGTGGTGAGGCATGAGAGGAGCCCCGAGGTGCTGCGTGAGATCGACCGCCTGAAGGCTCAGCTCAACGAGCTCGTCAACAGCCACGGGCGCTCCCAGGAGCAGCTCATCCGCCTGCAGGGTGAGCGCGACGAGTGGAGGCGCGAGCGGGCCAAGGTGGAGACCAAGACGGTGAGCAAGGAGGTGGTGCGCCACGAGAAGGACCCGGTGCTGGAGAAAGAAGCAGAGCGGCTCCGCCAGGAGGTGCGGGAGGCGGCCCAGAAGAGGCGGGCCGCGGAGGACGCGGTGTACGAGCTGCAGAGCAAGCGCCTGCTGCTGGAGAGGAGGAAGCCCGAGGAGAAGGTGGTGGTGCAGGAGGTGGTGGTCACCCAGAAGGACCCGAAGCTGCGCGAGGAGCACAGCCGGCTGAGCGGGAGCCTGGATGAGGAGGTGGGCCGGCGGCGCCAGCTAGAGCTTGAGGTGCAGCAGCTGCGGGCCGGCGTGGAGGAGCAGGAGGGCCTGCTCAGCTTCCAGGAGGACCGCAGCAAGAAGCTGGCCGTGGAGAGGGAGCTGCGGCAGCTGACCTTGAGGATCCAGGAGCTCGAGAAGCGGCCTCCCACGGTGCAGGAGAAGATCATCATGGAGGAAGTGGTCAAGCTGGAGAAGGACCCGGACCTGGAGAAGTCCACGGAAGCCCTGCGGTGGGACCTGGACCAGGAGAAGACCCAGGTAACCGAGCTGAATCGGGAGTGCAAGAACCTGCAGGTCCAGATTGACGTCCTCCAGAAAGCCAAATCGCAGGAGAAGACCATCTACAAGGAAGTGATCCGGGTGCAGAAGGACCGCGTCCTGGAAGATGAGCGGGCCCGCGTGTGGGAGATGCTCAACAGGGAGCGCACGGCCCGGCAGGCCCGGGAGGAGGAGGCACGGCGCCTGCGGGAGCGCATTGACCGGGCCGAGACGCTGGGGAGAACCTGGTCCCGGGAGGAGTCCGAGCTGCAGAGGGCCCGGGACCAGGCCGACCAGGAGTGTGGGCGGCTGCAGCAGGAGCTGCGGGCTCTGGAGAGGCAGAAGCAGCAGCAGACACTGCAGCTGCAGGAGGAGTCGAAGCTGCTCAGCCAGAAGACGGAGAGCGAGCGACAGAAGGCGGCCCAGCGGGGCCAGGAGCTCTCGCGGCTGGAGGCGGCCATCCTCCGCGAGAAGGACCAGATCTACGAGAAGGAGCGGACGCTCCGGGACCTCCACGCCAAGGTGAGCCGGGAGGAGCTCAGCCAGGAGACCCAGACGCGAGAGACCAACCTTTCCACCAAGATCTCCATCCTGGAACCCGAGACGGGGAAGGACATGTCCCCATACGAGGCCTACAAGAGGGGCATCATCGACAGGGGCCAGTACTTGCAGCTGCAGGAGCTCGAGTGTGACTGGGAGGAGGTCACCACCTCGGGGCCCTGTGGGGAGGAGTCTGTGCTCCTGGACCGCAAGAGCGGGAAGCAGTACTCCATCGAGGCCGCCCTCCGCTGCCGGCGCATCTCTAAGGAGGAGTACCATCTGTACAAGGACGGCCACCTGCCCATCTCCGAGTTTGCGCTGCTTGTAGCTGGGGAGACCAAGCCAAGCTCCTCACTCTCCATCGGCTCTATCATCTCCAAGTCCCCGCTCGCCTCCCCGGCCCCCCAGAGCACCAGTTTCTTCTCTCCCAGCTTCTCTCTCGGGCTCGGTGATGACAGCTTCCCTATCGCCGGGATCTATGACACAACCACAGACAACAAGTGCAGCATCAAGACGGCCGTGGCCAAGAACATGCTGGACCCCATCACTGGGCAGAAGCTACTGGAGGCCCAGGCGGCCACAGGGGGCATCGTGGACCTGCTCAGCCGTGAGCGCTACTCTGTGCACAAGGCGATGGAGAGGGGCCTGATCGAGAACACCTCCACACAGAGGCTGCTTAACGCCCAGAAGGCCTTCACCGGCATCGAGGACCCCGTCACCAAGAAGAGGCTCTCGGTGGGCGAGGCCGTCCAGAAGGGCTGGATGCCCCGGGAGAGCGTGCTCCCACACCTGCAGGTGCAGCACCTGACCGGGGGGCTCATCGACCCCAAGAGGACAGGCCGCATCCCCATCCAGCAGGCCCTCCTCTCCGGGATGATCAGTGAAGAGCTGGCCCAGCTCCTGCAGGACGAGTCCAGCTACGAGAAGGATTTGACAGACCCCATCTCCAAGGAACGGCTGAGCTACAAGGAGGCCATGGGCCGCTGCCGCAAAGACCCCCTGAGCGGCCTGCTGCTCCTGCCAGCGGCACTGGAGGGGTACCGCTGCTACCGCTCCGCCTCCCCCACCGTCCCGCGCTCCCTTCGCTGA
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以人为镜!
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charlies929

至尊木虫 (正式写手)

要不要前后酶切位点?
2楼2009-11-25 09:26:04
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bbyu007

木虫 (正式写手)

我给你总结了一下几个比较好的引物,你可以任意组合扩增,请参考:

★ ★ ★ ★ ★
1949stone(金币+5,VIP+0):好手段 11-25 09:51
正向链:
(1)5‘-3’ :AGAACTTCCTGAACCTGTGTATCT   
得分93,位点947,长度24bp,Tm 56.2,GC% 41.7%
(2)5‘-3’ :GGTCGTGGTGAAAGAGGTAGTCAA
得分92,位点3219,长度24bp,Tm 63.2,GC% 50%
(3)5‘-3’ :GATCTATGACACAACCACAGACAA
得分92,位点5487,长度24bp,Tm 56.8,GC% 41.7%

反向链:
(1)5‘-3’ :CTTGTTGTCTGTGGTTGTGTCATA
得分100,位点5514,长度24bp,Tm 57.9,GC% 41.7%
(2)5‘-3’ :TGTTGTCTGTGGTTGTGTCATAGA
得分92,位点5512,长度24bp,Tm 58.1,GC% 41.7%
(3)5‘-3’ :GTCTGTGGTTGTGTCATAGATCCC
得分90,位点5508,长度24bp,Tm 60,GC% 50%
我是笨笨鱼~~~
3楼2009-11-25 09:37:42
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fengwenbin

铜虫 (初入文坛)

不用酶切位点
以人为镜!
4楼2009-11-25 09:38:56
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fengwenbin

铜虫 (初入文坛)

反向链3'带有A,以及3CCC不行
以人为镜!
5楼2009-11-25 09:42:16
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水过无恒

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
1949stone(金币+5,VIP+0):够热情 11-25 10:01
fengwenbin(金币+5,VIP+0):谢谢,我是做rt-p,struggle很久了,循环中30度要6‘30?望详细指导谢谢 11-25 22:52
你的这个给基因好大,引物最好长一些,以我4年经验,引物为下:

正向:5' atgttcaaggggctgagcaaaggctcccagg 3'

反向:5' tcagcgaagggagcgcgggacggtggg 3'

建议用LA TAQ 酶做PCR,条件:
94度 5分钟

94度 30秒
72度 6分钟30秒
25个循环

72度 10分钟

如果你是做TR-PCR,做最分做两步
如果以上条件不行,也设计4条引物,先PCR得到两条片段,在OVER LAPPING PCR
6楼2009-11-25 09:50:19
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