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sigmax

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】有机复合物的结构初始模型

我现在做一个有机酸对有机胺生成的有机盐的复合物,希望先用对接的方法得到一个初始结构,再后面结合实验测试数据进行解析。

使用AUTODOCK才刚开始,对结果输入不是太确定。
请教-我希望在对接完后,可以测量官能团间、酸碱原子间的距离、夹角等几何参数,最好能够拿到整个复合物的原子坐标。据说,autodock设计为-大分子不动,也不输出其原子坐标。

这个复合物的坐标在模拟过程中肯定是有的,但该怎么获得?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:48 ]
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arthurii

木虫 (正式写手)

对接后放一起,用高斯优化一下?复合物的原子坐标想要的话很简单,用文本剪辑器打开保存结构的pdb文件,里面都是坐标,格式很容易认的。
2楼2009-11-25 11:03:46
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