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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于配体与受体间的π-π 相互作用

配体的化合物分子结构含有苯环,分子对接之后发现与Phe间有π-π 相互作用。是不是苯环的芳香性越大,那么两者间的相互作用就越强,他们之间存在排斥力呢?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:49 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-22 21:37
不清楚你用的是什么力场,
像charmm, amber 等电荷在原子上的力场不能处理这种效应,
参考之前的讨论
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=12794
2楼2009-11-21 18:31:07
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

我是计算的化合物的芳香性指数,我想知道芳香性的大小能否反映π-π 相互作用的强弱。
3楼2009-11-21 20:03:38
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ggdh

专家顾问 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
PI Pi 作用就是范德华力,有时候会有CT作用,跟芳香性大小没啥关系
4楼2009-11-22 09:15:44
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lifei_dut at 2009-11-21 20:03:
我是计算的化合物的芳香性指数,我想知道芳香性的大小能否反映π-π 相互作用的强弱。

请问CT作用是什么?
5楼2009-11-22 10:37:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
CT指溶质电荷转移?
Pi-Pi 作用的主要部分是四极静电作用, 而一般的力场不提供这个作用的.
二楼提供的文献中提到
单点电荷力场尽管可以得到芳环平面平行的现象,但能量上差别很大.
实验值48 kj/mol, 而模拟值不到1.
6楼2009-11-22 12:33:09
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