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蜡膜样本：空间多组学研究的重要样本载体
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一、研究背景 空间多组学技术打破了传统组学检测丢失组织原位空间位置信息的局限，可以在保留组织形态结构的前提下，解析组织内部不同区域的RNA、蛋白分子表达水平，在肿瘤异质性解析、肿瘤微环境互作、临床回顾性样本研究当中得到越来越广泛的应用。其中GeoMx DSP作为主流的高通量空间转录组与蛋白检测平台，对样本有特殊的要求。 石蜡包埋组织是临床样本库最常见的样本类型，大量回顾性临床标本都以石蜡块形式保存。但石蜡块本身存在跨境、跨中心寄送的诸多限制，蜡膜切片样本，也就是蜡膜样本，由此成为重要的样本形式。蜡膜样本可以将石蜡组织切取为薄膜切片，规避石蜡块寄送难题，同时充分利用珍贵有限的临床肿瘤组织，支撑多中心临床项目、回顾性队列的空间多组学分析。样本制备、形态质控、保存运输条件，会直接影响后续DSP平台上RNA与蛋白的检测质量，规范处理蜡膜样本，是获得可靠空间多组学数据的前置关键环节。 二、蜡膜样本应用场景与样本质控要求 （1）蜡膜样本的核心应用场景 （1）多中心临床研究，大规模的肿瘤疗效评估、药物安全性评价的回顾性分析工作中，不同研究中心的石蜡标本不便于直接转运，统一制备蜡膜切片之后再集中送检，可以简化样本流转流程，保障队列实验条件标准化。 （2）适配GeoMx DSP高通量RNA与蛋白联合检测，该平台可直接对蜡膜切片开展空间原位捕获，实现同一组织切片上同时检测转录本与靶标蛋白。 （3）解决石蜡块无法远程寄送的现实困境，很多医疗机构的石蜡组织块受院内管理制度、物流管制约束不允许外送，制备成蜡膜切片后能够合规转运到检测平台开展实验。 （4）有限肿瘤组织的高效复用，珍贵的肿瘤石蜡标本组织量十分有限，蜡膜切片可以充分利用组织，一张切片可以用于多轮检测分析，减少组织消耗。 （5）支撑空间多组学精准分析，完整保留组织原位的空间位置信息，解析肿瘤区域、间质、免疫浸润区域的分子表达差异，挖掘空间层面的疾病分子特征。 （2）送检蜡膜样本基础形态质控要求 组织切片的物理状态会直接影响后续探针杂交、靶标分子捕获效率。送检的蜡膜切片，切片厚度需要覆盖目标研究区域，组织切片必须完整，不能出现组织缺损、脱落，切片整体平整，无卷曲、褶皱。一旦出现卷片、组织碎裂，会造成ROI圈选失败、局部信号丢失，最终带来数据偏差甚至样本报废。在样本初筛阶段就需要完成形态检查，排除形态不合格的样本。 三、两类蜡膜样本制备、保存与运输要点 蜡膜样本分为贴片型与不贴片型，二者制备流程、保存条件、寄送要求差异很大，需要区分操作。贴片型样本直接贴附在防脱载玻片，主要用于GeoMx DSP仪器上机；不贴片的游离蜡膜切片多用于预实验、备选备份。 （1）贴片型蜡膜样本制备关键操作 （1）玻片选择必须使用适配DSP平台的防脱载玻片，普通载玻片的黏附性能不足，在后续孵育、洗涤流程中组织容易脱落，直接造成实验失败。玻片上有划定的有效工作区域，组织切片需要放置在有效区域之内，避开标签区。 （2）切片厚度设置为5μm，连续切取多张切片，在45℃温水环境当中完成展平，尽量消除褶皱，展片时间不宜过长，避免核酸发生降解。 （3）完成捞片之后，将组织区域精准放置在玻片的有效检测范围，60℃条件下烤片30分钟，充分加固组织和玻片之间的黏附，烤片结束后做好样本信息标记。 （2）不贴片蜡膜样本制备注意事项 不贴片蜡膜属于游离切片，没有玻片支撑，操作时更容易破损。切片过程尽量保证切片平整，杜绝褶皱与裂痕，禁止入水展片，入水会造成组织中核酸蛋白发生降解。切下的单张切片单独放置于预冷的50mL离心管内，管内不能多张切片堆叠，防止切片互相摩擦破损，制备完成立刻转入低温环境保存。 （3）两种蜡膜样本保存与运输温度差异 （1）贴片型样本有玻片载体，稳定性相对更高。短期7天内即可送达实验室，可维持10‑30℃室温环境保存运输；若寄送周期拉长至30天，需要放置2‑8℃冷藏条件保存寄送。需要把控送达时限，避免存放超时带来靶标分子降解。 （2）不贴片游离蜡膜样本稳定性弱，必须在‑20℃或者‑80℃超低温条件下保存，全部样本要求制备完成后30天之内寄出，运输全程干冰低温冷链，防止游离切片当中RNA、蛋白发生降解。 四、总结 蜡膜样本是衔接临床石蜡存档标本与空间多组学技术的关键媒介，在多中心队列、回顾性临床研究当中具备不可替代的优势。蜡膜样本的质量管控贯穿切片制备、形态质控、保存、冷链运输全流程。贴片型、不贴片样本操作条件不一样，如果条件把控不当，会出现组织脱落、核酸蛋白降解、形态破坏，造成整个样本数据集失效。充分理解两类样本的操作规范，结合DSP空间多组学平台，就可以充分挖掘临床石蜡样本的科研价值，解析组织空间维度的分子异质性。   |
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