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毕合生物2024

铜虫 (正式写手)

[交流] 你养的细胞还是你以为的那株吗?

持续半个世纪的交叉污染危机

1960 年代后期,美国实验室里绝大多数连续细胞系,已经被 HeLa 污染了。1967 年 Gartler 从酶多态性研究第一次把这事抖出来,1977 年 Nelson-Rees 用染色体分析坐实。按《动物细胞培养:基本技术和特殊应用指南》原书第七版第十三章的记录,到现在 ICLAC(国际细胞系认证委员会)数据库里已经积累了 470 多个身份错误的细胞系。

CHANG Liver 标着人胚胎肝上皮,其实是 HeLa;

ECV-304 说是正常内皮,其实是 T-24 膀胱癌;

EJ-1 膀胱癌其实就是 T-24;

BrCA5 乳腺癌也是 HeLa。

更讽刺的是,1967 到 1977 年那批被污染的细胞系,至今还在被广泛使用、还在发文章。这是教科书级别的反面教材,可惜很多实验室没把它当回事。

为什么这事这么难治

交叉污染的细胞往往长得更快、贴壁率更高,而这些让它成为好材料的特质,恰恰也是它容易污染别的东西的特质。一旦混进去,它会在传代里慢慢盖过你真正的细胞。

用错了身份的细胞做实验,只要结论不涉及细胞来源,分子机制可能还成立;可一旦你想把细胞行为和它出身的组织或肿瘤挂钩,整个结论就废了。更糟的是,发都发了,只能回头补做鉴定、改名字(比如 HeLa-KB、HeLa-Hep2)来补救。

如何鉴定

那怎么知道自己的细胞对不对。首选是 DNA STR 谱,用微卫星短重复序列,PowerPlex 16HS 一次测 16 个位点,分辨能力到 1 比 10 的 18 次方,还有 ANSI/ATCC ASN-0002-2011 国际标准和公开的数据库可以交叉比对。

判读规则是:和正确细胞系 80% 以上匹配算真实;和另一个不同细胞系匹配,说明身份错了,别再用;找不到 80% 以上匹配,反而提示它可能是独一无二的。

书里给过一个估计:高达 36% 的细胞系和所称不符。这是花一次 STR 测序就能排掉的雷。不过 STR 有个盲区,如果人源培养物被另一种动物交叉污染,STR 电泳图只会显示峰值降低、把污染种属的信息整个吞掉,所以还得配种属鉴定,比如测 CO1 细胞色素氧化酶亚基 1 的条码区域,和公共数据库比对。

如何预防

比鉴定更根本的是预防,而预防是操作习惯,不是某种检测。

书里列了十三条实践,核心就几条:

一次只处理一个细胞系、做完擦干净再碰下一个;

增殖快的细胞系放到最后处理;

绝不用同一支加样器处理不同细胞系;

每种细胞系专用一套培养基和试剂;

吸管进过有细胞的瓶就不再放回培养基或胰酶瓶;

冻存标记清楚、复苏别拿错管。

这些不是发表前补一下的事,而是拿到细胞系第一天就该嵌进日常的。拿到新细胞系之前,先去 ICLAC 数据库查一遍,从有声誉的细胞库取,收到后立即做 STR 验证。

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