| 查看: 76 | 回复: 5 | |||
[交流]
骨组织空间组学样本前处理关键要点：脱钙工艺对空间多组学数据质量的影响
|
|||
|
空间组学技术可以在保留组织原位空间位置信息的前提下，解析组织内基因、蛋白的表达分布，为骨代谢、骨肿瘤、骨关节疾病、骨修复再生等方向提供全新研究手段。骨组织和软组织存在巨大差异，基质含有大量羟基磷灰石钙盐，质地坚硬致密，样本前处理尤其是脱钙环节，直接决定切片质量、抗原完整性与核酸保存效果，是骨组织空间转录组、空间蛋白组实验成败的核心步骤。不恰当的脱钙方式会造成组织碎裂、抗原降解、核酸碎片化，最终导致空间组学数据失真甚至实验失败。本文围绕骨组织形态特征、脱钙的必要性、主流脱钙方案对比、样本实操注意事项展开梳理，为骨组织空间组学样本制备提供实操参考。 一、骨组织生物学形态特点 骨组织具备复杂分层结构，主要分为骨及骨髓、关节两大研究体系。 1、骨及骨髓组织 完整骨组织包含密质骨、松质骨、骨膜与骨髓。密质骨质地致密坚硬；松质骨为多孔网状结构，孔隙内部填充骨髓组织，骨髓富集造血细胞、免疫细胞、间充质干细胞，是骨微环境重要功能区域。骨‑骨髓交界区域也是骨肿瘤、骨代谢疾病的关键研究位点，空间组学需要完整保留骨基质、骨髓、骨膜之间的原位空间位置关系。 2、关节组织 关节样本包含骨端、关节软骨、关节囊、滑膜等多种组织。软骨、滑膜、骨小梁紧密相邻，在骨关节炎、类风湿关节炎研究中，需要完整保留软骨‑滑膜‑骨界面结构，不能出现组织崩解、褶皱、错位，否则空间位点对应关系将彻底丢失。 骨组织大量钙盐矿物的存在，使得常规软组织切片流程无法直接套用，脱钙成为绝大多数石蜡包埋骨组织样本必不可少的前处理步骤。 二、骨组织病理切片与空间组学样本为什么需要脱钙 1、骨组织高钙盐带来切片工艺障碍 骨基质中大量羟基磷灰石钙盐，硬度极高。不脱钙直接切片，切片过程困难，组织极易碎裂；会频繁损伤切片刀；切片表面容易出现划痕、裂纹、返砂现象；切片形态破损，染色信号弥散。而空间组学实验对切片完整性要求远高于普通 HE 染色，切片一旦出现裂纹、缺损，会直接造成空间位点丢失，下游数据无效。 2、脱钙实现组织软化，适配石蜡包埋切片体系 常规病理和空间组学大多采用石蜡包埋技术，石蜡质地柔软，无法支撑坚硬的骨矿物基质。脱钙可以去除组织内钙盐，让坚硬骨组织变得柔软疏松，才能顺利完成脱水、浸蜡、包埋、连续切片整套流程，获得完整连续的组织切片，满足空间组学对切片厚度、形态完整性的严格要求。 3、不脱钙硬组织切片的适用边界 并非所有骨研究都必须脱钙。在观察骨矿化程度、骨植入材料‑骨界面整合等特定研究场景，会使用不脱钙硬组织切片技术。但该技术大多用于树脂包埋，并不适配石蜡基的空间转录组、空间蛋白组主流实验平台；树脂包埋样本核酸、抗原保存效果差，一般不用于空间多组学检测。因此绝大多数骨组织空间组学项目，必须进行脱钙处理。 三、主流骨组织脱钙方案对比及空间组学场景选型 不同脱钙试剂在脱钙速度、组织损伤、抗原保留、核酸完整性上差异巨大，直接决定空间组学实验质量。四种主流脱钙体系特点如下表： 选型关键提示：免疫组化、空间转录组、空间蛋白组等分子实验，优先选择 EDTA 螯合脱钙。尽管 EDTA 脱钙周期长，密质骨样本往往需要 2 周以上，但对核酸、抗原破坏最小，是骨组织空间组学的最优选择。硝酸、甲酸酸性较强，会造成核酸断裂、抗原表位破坏，虽然脱钙快，会直接导致空间组学基因检测、蛋白靶点信号丢失，尽量避免用于空间多组学样本。 四、骨组织空间组学样本完整实操注意事项 1、样本取材与固定 动物骨组织取材要快速，离体后尽快去除多余软组织，避免骨组织自溶；选用合适固定液充分固定，固定不充分会造成核酸降解。大段密质骨建议适当修块，减小骨块厚度，加快后续 EDTA 渗透与脱钙效率。 2、脱钙终点判断 EDTA 脱钙不能只依靠固定时间，需要定期检查脱钙程度，用细针可以轻松刺入骨组织即为脱钙终点。脱钙不足依旧切片困难；过度脱钙会造成组织松散、结构坍塌，破坏骨‑骨髓原位空间结构。 3、全程规避核酸酶污染 空间转录组对核酸质量要求极高，脱钙、漂洗、脱水全部流程尽量使用无酶耗材与试剂，防止 RNA 酶降解样本内核酸。 4、包埋切片质控 脱钙完成后充分漂洗去除残留脱钙试剂，再进入脱水浸蜡包埋流程；切片避免褶皱、碎裂，切片做好质控，HE 镜检确认骨‑骨髓、软骨‑滑膜界面完整，再开展后续空间组学实验。 5、对照设置 同一批次实验建议搭配软组织质控样本，同时评估抗原、核酸保存情况，区分是样本前处理问题还是平台检测本身带来的信号波动。 五、骨组织空间组学主要科研应用方向 1、骨代谢疾病研究 骨质疏松、甲状旁腺骨损伤等模型，解析成骨细胞、破骨细胞、骨髓基质细胞在骨微环境原位的基因与蛋白表达图谱，挖掘细胞间互作信号。 2、骨关节疾病机制研究 骨关节炎、类风湿关节炎样本，观察软骨、滑膜、骨小梁交界区域的细胞空间分布，解析炎症信号在关节微环境中的传播规律。 3、骨肿瘤及肿瘤骨转移研究 解析肿瘤细胞、免疫细胞、骨基质细胞的原位空间位置，探索肿瘤骨转移微环境，寻找肿瘤与骨微环境相互作用关键靶点。 4、骨修复与骨再生研究 骨折、骨植入材料修复模型，观察损伤修复过程中各类细胞的空间动态变化，评估修复微环境分子特征。 骨组织空间组学的难点不在于上机检测，而在于前期样本前处理。脱钙工艺选择不当，后续再高端的检测平台也无法挽回样本损伤。EDTA 温和脱钙虽然耗时久，却是保障核酸、抗原完整，保留组织原位空间结构的核心前提。 六、小结 骨组织因为高矿物钙盐的特殊属性，样本前处理脱钙环节是空间组学实验的重中之重。强酸类脱钙速度快，但会破坏核酸与抗原；EDTA 螯合脱钙虽然周期长，可最大程度保留组织形态、抗原与核酸完整性，是骨组织空间转录组、空间蛋白组的首选方案。严格把控取材、固定、脱钙终点、防核酸污染等细节，才能获得高质量骨组织空间组学数据，支撑骨科学相关机制研究。    |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有138人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
基金申请小调查！预祝申请必定中中中！！祈福！！！
+5/605
-
华西生物制药研究院招聘科研助理
+2/406
-
坐标北京诚征男友
+1/116
-
山东征女友，坐标济南
+1/91
-
焦虑
+1/86
-
哈尔滨工业大学（校本部）电子与信息工程学院2027级博士招生
+1/66
-
强耀生物金秋开学季活动，2026年8月18日-10月31日，肽库筛选低至2W5
+3/61
-
上海交通大学张航课题组招聘博士后（电化学能量存储与转换）
+1/44
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
+1/43
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
+1/42
-
流放岭南浮肿了求救
+1/28
-
南京理工大学优青团队催化化学方向招收推免研究生
+1/27
-
南方医科大学深圳医院陈烨/余涛教授课题组联合培养博士后招聘
+1/8
-
深圳大学特聘教授课题组专任教师及博士后招聘
+1/6
-
2026年国自然
+1/6
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/2
-
河海大学海洋环境污染与生态毒理学研究组招收2027级硕士生 及博士研究生
+1/2
-
目前市面上最好用的学术科研论文攥写工具！
+1/2
-
清华大学环境课题组招聘环境工作专业客座生研究生2-3名（应用导向）
+1/2
-
【产品测评分享】体外转录产量不理想、dsRNA 副产物高？T7 RNA 聚合酶实测体验
+1/1
简单回复
庚辰辛丑2楼
2026-08-20 16:33
回复
乐备实LabEx(金币+1): 谢谢参与
ckxbear3楼
2026-08-20 16:55
回复
乐备实LabEx(金币+1): 谢谢参与
2026-08-20 17:04
回复
乐备实LabEx(金币+1): 谢谢参与
psylhh5楼
2026-08-20 23:53
回复
乐备实LabEx(金币+1): 谢谢参与
2026-08-21 07:51
回复
乐备实LabEx(金币+1): 谢谢参与
