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[交流] 骨组织空间组学样本前处理关键要点：脱钙工艺对空间多组学数据质量的影响

空间组学技术可以在保留组织原位空间位置信息的前提下，解析组织内基因、蛋白的表达分布，为骨代谢、骨肿瘤、骨关节疾病、骨修复再生等方向提供全新研究手段。骨组织和软组织存在巨大差异，基质含有大量羟基磷灰石钙盐，质地坚硬致密，样本前处理尤其是脱钙环节，直接决定切片质量、抗原完整性与核酸保存效果，是骨组织空间转录组、空间蛋白组实验成败的核心步骤。不恰当的脱钙方式会造成组织碎裂、抗原降解、核酸碎片化，最终导致空间组学数据失真甚至实验失败。本文围绕骨组织形态特征、脱钙的必要性、主流脱钙方案对比、样本实操注意事项展开梳理，为骨组织空间组学样本制备提供实操参考。

一、骨组织生物学形态特点
骨组织具备复杂分层结构，主要分为骨及骨髓、关节两大研究体系。
1、骨及骨髓组织
完整骨组织包含密质骨、松质骨、骨膜与骨髓。密质骨质地致密坚硬；松质骨为多孔网状结构，孔隙内部填充骨髓组织，骨髓富集造血细胞、免疫细胞、间充质干细胞，是骨微环境重要功能区域。骨‑骨髓交界区域也是骨肿瘤、骨代谢疾病的关键研究位点，空间组学需要完整保留骨基质、骨髓、骨膜之间的原位空间位置关系。

2、关节组织
关节样本包含骨端、关节软骨、关节囊、滑膜等多种组织。软骨、滑膜、骨小梁紧密相邻，在骨关节炎、类风湿关节炎研究中，需要完整保留软骨‑滑膜‑骨界面结构，不能出现组织崩解、褶皱、错位，否则空间位点对应关系将彻底丢失。
骨组织大量钙盐矿物的存在，使得常规软组织切片流程无法直接套用，脱钙成为绝大多数石蜡包埋骨组织样本必不可少的前处理步骤。

二、骨组织病理切片与空间组学样本为什么需要脱钙
1、骨组织高钙盐带来切片工艺障碍
骨基质中大量羟基磷灰石钙盐，硬度极高。不脱钙直接切片，切片过程困难，组织极易碎裂；会频繁损伤切片刀；切片表面容易出现划痕、裂纹、返砂现象；切片形态破损，染色信号弥散。而空间组学实验对切片完整性要求远高于普通 HE 染色，切片一旦出现裂纹、缺损，会直接造成空间位点丢失，下游数据无效。

2、脱钙实现组织软化，适配石蜡包埋切片体系
常规病理和空间组学大多采用石蜡包埋技术，石蜡质地柔软，无法支撑坚硬的骨矿物基质。脱钙可以去除组织内钙盐，让坚硬骨组织变得柔软疏松，才能顺利完成脱水、浸蜡、包埋、连续切片整套流程，获得完整连续的组织切片，满足空间组学对切片厚度、形态完整性的严格要求。

3、不脱钙硬组织切片的适用边界
并非所有骨研究都必须脱钙。在观察骨矿化程度、骨植入材料‑骨界面整合等特定研究场景，会使用不脱钙硬组织切片技术。但该技术大多用于树脂包埋，并不适配石蜡基的空间转录组、空间蛋白组主流实验平台；树脂包埋样本核酸、抗原保存效果差，一般不用于空间多组学检测。因此绝大多数骨组织空间组学项目，必须进行脱钙处理。

三、主流骨组织脱钙方案对比及空间组学场景选型
不同脱钙试剂在脱钙速度、组织损伤、抗原保留、核酸完整性上差异巨大，直接决定空间组学实验质量。四种主流脱钙体系特点如下表：

选型关键提示：免疫组化、空间转录组、空间蛋白组等分子实验，优先选择 EDTA 螯合脱钙。尽管 EDTA 脱钙周期长，密质骨样本往往需要 2 周以上，但对核酸、抗原破坏最小，是骨组织空间组学的最优选择。硝酸、甲酸酸性较强，会造成核酸断裂、抗原表位破坏，虽然脱钙快，会直接导致空间组学基因检测、蛋白靶点信号丢失，尽量避免用于空间多组学样本。

四、骨组织空间组学样本完整实操注意事项
1、样本取材与固定
动物骨组织取材要快速，离体后尽快去除多余软组织，避免骨组织自溶；选用合适固定液充分固定，固定不充分会造成核酸降解。大段密质骨建议适当修块，减小骨块厚度，加快后续 EDTA 渗透与脱钙效率。

2、脱钙终点判断
EDTA 脱钙不能只依靠固定时间，需要定期检查脱钙程度，用细针可以轻松刺入骨组织即为脱钙终点。脱钙不足依旧切片困难；过度脱钙会造成组织松散、结构坍塌，破坏骨‑骨髓原位空间结构。

3、全程规避核酸酶污染
空间转录组对核酸质量要求极高，脱钙、漂洗、脱水全部流程尽量使用无酶耗材与试剂，防止 RNA 酶降解样本内核酸。

4、包埋切片质控
脱钙完成后充分漂洗去除残留脱钙试剂，再进入脱水浸蜡包埋流程；切片避免褶皱、碎裂，切片做好质控，HE 镜检确认骨‑骨髓、软骨‑滑膜界面完整，再开展后续空间组学实验。

5、对照设置
同一批次实验建议搭配软组织质控样本，同时评估抗原、核酸保存情况，区分是样本前处理问题还是平台检测本身带来的信号波动。

五、骨组织空间组学主要科研应用方向
1、骨代谢疾病研究
骨质疏松、甲状旁腺骨损伤等模型，解析成骨细胞、破骨细胞、骨髓基质细胞在骨微环境原位的基因与蛋白表达图谱，挖掘细胞间互作信号。

2、骨关节疾病机制研究
骨关节炎、类风湿关节炎样本，观察软骨、滑膜、骨小梁交界区域的细胞空间分布，解析炎症信号在关节微环境中的传播规律。

3、骨肿瘤及肿瘤骨转移研究
解析肿瘤细胞、免疫细胞、骨基质细胞的原位空间位置，探索肿瘤骨转移微环境，寻找肿瘤与骨微环境相互作用关键靶点。

4、骨修复与骨再生研究
骨折、骨植入材料修复模型，观察损伤修复过程中各类细胞的空间动态变化，评估修复微环境分子特征。

骨组织空间组学的难点不在于上机检测，而在于前期样本前处理。脱钙工艺选择不当，后续再高端的检测平台也无法挽回样本损伤。EDTA 温和脱钙虽然耗时久，却是保障核酸、抗原完整，保留组织原位空间结构的核心前提。

六、小结
骨组织因为高矿物钙盐的特殊属性，样本前处理脱钙环节是空间组学实验的重中之重。强酸类脱钙速度快，但会破坏核酸与抗原；EDTA 螯合脱钙虽然周期长，可最大程度保留组织形态、抗原与核酸完整性，是骨组织空间转录组、空间蛋白组的首选方案。严格把控取材、固定、脱钙终点、防核酸污染等细节，才能获得高质量骨组织空间组学数据，支撑骨科学相关机制研究。