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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】向大家请教一下中间态(intermediate)与过渡态(transitional state)的问题。

有如下疑问：
    1>如果在计算的时候，最后优化完毕，并计算频率，得出的频率中只有一个，而且第一个为
虚频，是不是说明这个当前对应的坐标状态为过渡态？
    2>如果全部频率为正，是不是说明当前坐标状态为稳定态或者是中间体的状态？

     之所以提出这两个疑问，是因为原来我在做计算时，怎么算都有一个虚频，原来在版
上求助过，并得到了好多虫友给出的意见，最后终于把这个虚频消除，得到了全部是正的频率的
结构。现在在看文献时，也碰到了这样的问题。作者在文献中计算了一个他认为的中间体状态，
我按照其计算方法，也算了遍，发现可以得到两种频率为正的结构（包括他提出的那种），而且
频率也都是为正的。所以，我在想，是不是作者把这个可能的中间体状态遗漏掉了？
    因此提出问题1，2，想确定一下。
    谢谢！
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1楼 2009-11-19 16:42:21
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
回答第一个问题：是
回答第二个问题：是

奖励一下
参见http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1527579

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-19 at 17:02 ]
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2楼2009-11-19 16:59:51
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢版主啦。
量子化学这个版好好啊，牛人好多。
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3楼2009-11-19 17:11:09
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-20 10:16
1、有一个虚频只说明这是一个势能面上的一阶鞍点。
未必就是真正的反应的过渡态。这种一阶鞍点多了去了，你要看振动模式是不是你想要的，要跑irc验证一下，要寻找有没有活化能更低的鞍点，才能确定过渡态。
2、基本理解是对的，但是同样存在不少中间体的时候，能量最低的那个是主要的。
要看各中间体能量差，如果相差不大，最好都列出来，如果相差很大，能量高的那个几乎没有什么价值（除非特殊情况特殊处理），不列出来也罢。因为要全都列出来是不大可能的，也没必要。
赞一下(11人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2009-11-19 21:47:36
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢楼上的回帖啊。经常在坛子里看到有人说“这个振动模式是不是你想要的”。我对频率的关注不是很深，怎么去理解“这个振动模式是不是你想要的”？是在GV里看振动发生的是哪几个原子（也就是哪几个原子在动）？从而说明变化是发生的这个（或者是这些）原子上？ 觉得虽然是这么一句话，真正做起来的时候却好难。呵呵。有没有人给个实例的？谢谢啦！
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5楼2009-11-19 23:42:34
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