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dagonghong

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何得到水的xyz文件

各位大虾,请问如何得到水和水溶液的.xyz文件?谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:15 ]
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dagonghong

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-19 11:16:
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要 ...

目前对dl_poly、ms都刚接触,现在手上还有me。
4楼2009-11-19 15:51:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-19 13:25
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要讲清楚.
你有没有搜索过? 初步的搜索结果是什么? 有什么困难? 这个也要讲清楚.
你熟悉什么软件? 熟悉程度? 这个也要讲清楚.

可以用vmd中的solvate plugin, 两步就可以做到.
如果你熟悉vmd, 我可以给你细讲一下它的用法
2楼2009-11-19 11:16:12
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dagonghong

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-19 11:16:
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要 ...

谢谢bay_gulf的回复!我用的是dl_poly软件,体系本来要做离子液体水溶液,但是因为刚开始做,所以先做水的,现在要建模,确定坐标,不知道该怎么做,想建立水的模型。有一个小程序做出了水分子的规则分布,但是不知道盒子大小、间距合不合适液体水分子。想用ms做一个面心立方晶格,但还没弄懂!
3楼2009-11-19 15:42:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-19 16:25
在没有任何现成结构的基础上,构造一个规则分布是一种不错的选择.
间距等参数近似等于实际模型即可,没必要也不看能做地很精确.
这个规则分布只是手工构造的很不合理的分布,但可以通过一段时间的NVT模拟达到充分混乱和密度均衡.
如果有ms, 可以用其中的Amorphous 模块构造出一个液态水盒子, 不需要做成晶体.
但这个需要在生成后进行平衡处理. vmd 可以直接生成一个预平衡的水盒子.
5楼2009-11-19 15:56:27
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