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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】如何得到水的xyz文件
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dagonghong

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何得到水的xyz文件

各位大虾，请问如何得到水和水溶液的.xyz文件？谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:15 ]
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1楼 2009-11-19 10:56:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-19 13:25
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要讲清楚.
你有没有搜索过? 初步的搜索结果是什么? 有什么困难? 这个也要讲清楚.
你熟悉什么软件? 熟悉程度? 这个也要讲清楚.

可以用vmd中的solvate plugin, 两步就可以做到.
如果你熟悉vmd, 我可以给你细讲一下它的用法
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2楼2009-11-19 11:16:12
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dagonghong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-19 11:16:
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要 ...

谢谢bay_gulf的回复！我用的是dl_poly软件，体系本来要做离子液体水溶液，但是因为刚开始做，所以先做水的，现在要建模，确定坐标，不知道该怎么做，想建立水的模型。有一个小程序做出了水分子的规则分布，但是不知道盒子大小、间距合不合适液体水分子。想用ms做一个面心立方晶格，但还没弄懂！
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3楼2009-11-19 15:42:01
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dagonghong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-19 11:16:
MD模拟的第一步是建模,建模的第一步是构造分子,确定坐标.
你还有很长的道理要走啊,不要过分依赖网友.

你用什么软件? 溶质是什么? 这些你要讲清楚.
你手头有没有这个软件的tutorial? 你试过哪些方法? 这个也要 ...

目前对dl_poly、ms都刚接触，现在手上还有me。
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4楼2009-11-19 15:51:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-19 16:25
在没有任何现成结构的基础上,构造一个规则分布是一种不错的选择.
间距等参数近似等于实际模型即可,没必要也不看能做地很精确.
这个规则分布只是手工构造的很不合理的分布,但可以通过一段时间的NVT模拟达到充分混乱和密度均衡.
如果有ms, 可以用其中的Amorphous 模块构造出一个液态水盒子, 不需要做成晶体.
但这个需要在生成后进行平衡处理. vmd 可以直接生成一个预平衡的水盒子.
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5楼2009-11-19 15:56:27
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dagonghong

新虫 (小有名气)
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Originally posted by bay__gulf at 2009-11-19 15:56:
在没有任何现成结构的基础上,构造一个规则分布是一种不错的选择.
间距等参数近似等于实际模型即可,没必要也不看能做地很精确.
这个规则分布只是手工构造的很不合理的分布,但可以通过一段时间的NVT模拟达到充分混 ...

不知道vmd可不可以做离子液体水溶液？还是先试试ms吧！
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6楼2009-11-20 10:09:51
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-20 12:51
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Originally posted by dagonghong at 2009-11-20 10:09:
不知道vmd可不可以做离子液体水溶液？还是先试试ms吧！

vmd 只是一个建模和数据处理软件，可以兼容namd，gmx，charmm，lammps等多种MD 计算软件，但MS 好像不支持。
用MS 是一个不错的选择，namd，gmx等在处理离子液体的力场时候比较麻烦
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7楼2009-11-20 11:17:04
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dagonghong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-20 11:17:

vmd 只是一个建模和数据处理软件，可以兼容namd，gmx，charmm，lammps等多种MD 计算软件，但MS 好像不支持。
用MS 是一个不错的选择，namd，gmx等在处理离子液体的力场时候比较麻烦

那再问bay__gulf一个问题，是否知道在dl_poly中模拟离子液体难度如何？
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8楼2009-11-20 15:51:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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zeoliters(金币+2,VIP+0):Thanks for your reply! 11-20 11:02
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Originally posted by dagonghong at 2009-11-20 15:51:

那再问bay__gulf一个问题，是否知道在dl_poly中模拟离子液体难度如何？

我既没有系统做过离子液体, 也没有系统用过dl_poly. 看到有很多人在用 MDynaMix 做离子液体.
一个建议是多读一些相关文献, 尤其是国外高水平期刊上的, 看看他们都是用的什么软件, 可以少走一些弯路.
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9楼2009-11-20 16:34:03
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