24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4569)
>文献求助 (306)
>导师招生 (268)
>论文投稿 (255)
>博后之家 (239)
>虫友互识 (163)
>硕博家园 (91)
>考博 (81)
>有机交流 (81)
>招聘信息布告栏 (63)
>学术会议 (47)
>休闲灌水 (31)
>基金申请 (26)
>教师之家 (22)
>找工作 (21)
>考研 (18)

返回列表

【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 cory0931 的 2 个金币，回帖就立即获得 1 个金币，每人有 1 次机会

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

应助: 28 (小学生)
贵宾: 0.101
金币: 30045.4
帖子: 10480
在线: 1003.9小时
虫号: 1652657

[交流] 如何快速、批量挖掘高活性生物酶挖酶、生物酶挖掘、挖酶教学、批量挖掘、高质量

主要是提供思路，附带部分衍生阅读资料（本人已发表于其他平台）
1. 既然是快速，那自然不能是手动一个一个来，得用要专业的分析方和和技术平台；
2. 既然是要批量，那必然会涉及到如何获取高质量的靶标物质库（比如蛋白序列库、核酸序列库）；
3. 高活性，那自然少不了批量的活性预测分析；
4. 生物酶，那必然是要进行酶功能、种类的精准预测；

那么，高质量的数据从哪里来？
1. 自有资源，包括自有菌株--已经明确其具有较高的特定功能酶活性 -- 拿到全基因组、或全蛋白组、或转录组测序数据；
2. 自由测序库，这个更容易实现——比如从油污积聚、降解油污的环境中收集样本，三代测序，拿到序列库，这其中大概率是会有对应的解油污高活性酶存在；
3. 在线库直接挖掘，这个有一定的技术门槛；其前提是获取到大量的，潜在的靶标序列，再从里面进行层层筛选、挖掘；包括但不限于
1）序列层面的筛选；
2）理化特性层面筛选；
3）结构层面的筛选；
# 注意，这其中的每一步，都是批量实现的，单个操作只适用于对明确功能酶分子的精细优化、以及少量靶标的精细筛选；

怎么挖掘？
1. 必然是要对靶标酶，有一个深刻的认识，其具体功能、理化特性、结构特征、分子动力特征等；
2. 挖掘，则是基于对靶标酶的有限认知，进行举一反三的批量发现；

其他 —— 一些别家网站的延申阅读资源；
signalp6 分泌信号肽预测——全基因组级、宏基因组级分泌表达预测
Foldseek本地部署详细教程-- cpu 模式参考
deeploc 2.1 大批量蛋白亚细胞定位分析，适合三代测序级数据、真菌全菌数据的分析
CataPro本地安装--CPU模式（cpu mode）-- 经验资料整理
CLEAN蛋白酶功能预测工具介绍目前最精准的酶功能预测工具

全基因组蛋白分泌表达预测与优化 -- 策略-附流程图
原核生物表达异源蛋白--最佳分泌信号肽筛选策略--思路来自2018年的文献
真核生物异源蛋白高效分泌表达策略--分泌信号肽优化方案
三代测序之-- - 挖掘特定功能基因--pacbio测序数据挖掘--纳米孔测序、GenoCare等 -- 功能蛋白碗蕨功能酶挖掘方案

回复此楼