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lcx_2008

木虫 (小有名气)

[交流] 急求

各虫友,大家好。我在用swiss-model进行蛋白质三级结构预测,蛋白质的结构图出来了,但是不知道这个结构的具体信息,如蛋白质的结构域,每个结构域所包含的部分是什么,等。
请各位高手指点!!!谢谢了!!!!
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xiaozi2964

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lcx_2008(金币+1):谢谢参与
lcx_2008(金币+6,VIP+0):十分感谢你的回复,到NCBI上用什么软件预测,所用软件的操作方法可否告知一下,不胜感激。谢谢!! 11-19 08:59
从这个图上只能相对的看看,至于结构域问题,必须在NCBI的其他做结构域的软件去预测!!
2楼2009-11-18 19:54:35
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zhhl1981

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
lcx_2008(金币+1):谢谢参与
lcx_2008(金币+2,VIP+0): 11-19 09:05
NCBI的软件去预测
3楼2009-11-18 20:37:05
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xiaozi2964

金虫 (正式写手)

回复lz


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
利用ExPaSy服务器(http://expasy.org/)的Prosite工具分析蛋白质的结构位点。Prosite是一个关于蛋白家族的结构域的数据库,将序列与数据库进行比较可以找到一些蛋白质上的特殊结构,为新蛋白序列的归类提供线索。
利用HomoloGene寻找一个基因编码蛋白的保守结构域及所归属的超家族。
我以前做过,做的不好,也是新手!仅供交流!!
4楼2009-11-19 09:29:33
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xiaozi2964

金虫 (正式写手)

还有,利用Scansite分析motif(http://scansite.mit.edu/),采用默认参数,选择high Stringency,寻找蛋白质序列中易于被特定的蛋白酶磷酸化的模体和绑定结构域。
现在都忘得差不多了,大家互相学习!!
5楼2009-11-19 09:32:28
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lcx_2008

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhhl1981 at 2009-11-18 20:37:
NCBI的软件去预测

太感谢你了,我试试看!!
6楼2009-11-19 10:14:22
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lcx_2008

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xiaozi2964 at 2009-11-19 09:29:
利用ExPaSy服务器(http://expasy.org/)的Prosite工具分析蛋白质的结构位点。Prosite是一个关于蛋白家族的结构域的数据库,将序列与数据库进行比较可以找到一些蛋白质上的特殊结构,为新蛋白序列的归类 ...

太感谢你了,我试试看!!
7楼2009-11-19 10:15:13
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