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超声vs酶法，谁是靶向测序的理性选择？
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靶向测序是通过富集目标基因组编码区或定制区域，再结合二代测序（NGS）完成测序的高性价比技术。凭借高特异性、高覆盖深度、低成本等优势，该技术广泛应用于肿瘤基因突变检测、药物敏感性与耐药性分析、遗传病诊断筛查、肿瘤异质性评估、微生物组测序、临床试验筛选及液体活检等场景，是临床个体化治疗的优选测序方案。 当前市售靶向测序试剂盒的主要差异，集中在DNA 片段化方式，主要分为超声法、酶切法、转座酶法三类。本文选取 SureSelect Custom Target Enrichment Library Preparation、HaloPlex Custom Exome Library Preparation、Nextera Custom Enrichment Library Preparation、SeqCap EZ Choice Library Preparation四款代表性商用试剂盒，从测序数据比对率、均一性、GC 偏好性等关键指标，系统评估三类技术的性能差异。 实测数据表明，相比酶切法或转座酶法，采用超声法进行DNA片段化的试剂盒所构建的文库具有最高的复杂度。尽管HaloPlex试剂盒与目标区域的比对百分比最高，但大多数比对数据实际上是重复序列，涉及过度测序，因此导致均一性较低。与SureSelect和SeqCap试剂盒相比，HaloPlex和Nextera试剂盒的归一化覆盖度标准差最高，且与各自的理想曲线偏差更大。此外，GC含量低或高的区域会通过影响探针杂交和 PCR 扩增步骤，对靶向DNA测序产生不利影响。HaloPlex和Nextera在 GC 含量接近 60% 时，归一化覆盖度出现显著峰值，而在 GC 含量偏离 60% 前后，覆盖度均急剧下降。相比之下，SureSelect和SeqCap的测序性能随GC含量变化保持稳定，且在任意GC百分比下均无明显峰值。 达远辰光聚焦超声助力靶向测序精准有效 达远辰光 BoFU 系列聚焦超声打断仪，采用非接触式聚焦超声技术，可精准、稳定、高效、快速完成核酸片段化，有效缩短样本处理时长，提升文库转化率与测序数据均一性，为靶向测序提供可靠的样本前处理支撑。该设备已成功落地全国多家三甲医院临床检验中心、病理科及精准医学中心，切实助力医院提升精准诊疗效率与检测质量。 参考文献：J Mol Diagn 2015, 17: 64-75；DOI: 10.1016/j.jmoldx.2014.09.009 |
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