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新虫 (小有名气)

[交流] 如何分析ligand-protein的静电相互作用

我用dock对小分子抑制剂和受体蛋白进行了分子对接，想研究他们之间的静电相互作用，chiemra可以吗？请问怎么做？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:57 ]

1楼 2009-11-16 10:50:25

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金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+2,VIP+0):谢谢专家指导 11-16 13:54

namd 有一个 Pair interaction calculations 或许可以实现你的要求
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b2/ug/node60.html

2楼2009-11-16 12:14:01

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铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-17 08:52

chimera可能不行，至少我没有看到这个功能。

InsightII中有个模块docking，可以看总相互作用能，vdw和elec相互作用能，能够实现你的目标。

除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。

3楼2009-11-16 15:25:42

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