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dfjk-123

新虫 (小有名气)

[交流] 如何分析ligand-protein的静电相互作用

我用dock对小分子抑制剂和受体蛋白进行了分子对接,想研究他们之间的静电相互作用,chiemra可以吗?请问怎么做?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:57 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
aylayl08(金币+2,VIP+0):谢谢专家指导 11-16 13:54
namd 有一个 Pair interaction calculations 或许可以实现你的要求
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b2/ug/node60.html
2楼2009-11-16 12:14:01
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-17 08:52
chimera可能不行,至少我没有看到这个功能。

InsightII中有个模块docking,可以看总相互作用能,vdw和elec相互作用能,能够实现你的目标。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2009-11-16 15:25:42
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