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rkrl001

木虫 (正式写手)

[交流] 如何预测基因片段长度

各位同仁：
     你们好。
     我做基因克隆实验，已经拿到一个中间片段，做3’RACE的时候，遇到了问题，调了好几次，测序都不是想要的结果。我想问一下各位，如何预测3’长度，在中间片段已知的情况下。
     希望各位同仁提出宝贵建议，不胜感激。
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1楼 2009-11-16 09:38:17
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runxiaoli

木虫 (正式写手)
★ ★
xjxlovelxl(金币+0,VIP+0):http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1644147&fpage=1请仔细阅读，欢迎常来有奖版答疑 11-16 12:59
rkrl001(金币+2,VIP+0):感谢。 11-17 11:16
帮顶！我也很想知道。
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2楼2009-11-16 09:52:54
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qianggene

铜虫 (小有名气)
★ ★
rkrl001(金币+2,VIP+0):非常感谢。 11-17 11:16
将你的中间片段翻译成氨基酸后，在NCBI上blast一下，你会发现有很多其他物种的同源序列，然后看一下你的氨基酸大致位于其他同源序列的哪个位置，其之前大概有多少氨基酸，之后有多少氨基酸就知道了，然后换算成核苷酸数，就是你想要的答案了。
这是我的愚见，不知对你有没有参考价值
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3楼2009-11-16 11:06:02
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冉贤飞

禁言 (正式写手)
★
rkrl001(金币+1,VIP+0):谢谢您 11-17 11:15
本帖内容被屏蔽
4楼2009-11-16 14:31:04
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孤鸿飘逸

金虫 (正式写手)
到这个基因的同源序列，然后根据已发表的同源数据对比，最后估计有多长就可以了的..
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5楼2009-11-16 14:48:18
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