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【求助】如何对配基进行能量最小化操作
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yaohua009
木虫
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专业: 合成药物化学
[交流]
【求助】如何对配基进行能量最小化操作
用DS2.1对小分子和大分子进行对接时,我是用Chemdraw 画小分子,然后用chem3D转化为3D,再用chem3D作能量优化,但不尽人意,想用别的软件对其进行能量最小化,不知用何软件,如何操作?
最好比较好上手的软件最佳.先谢了.
[
Last edited by yaohua009 on 2009-11-14 at 20:47
]
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1楼
2009-11-14 20:44:34
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wuy069
铁杆木虫
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专业: 理论和计算化学
★ ★ ★
小木虫(金币
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):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币
+2
,VIP
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):
11-15 17:08
可以用GV对接啊 如果gaussian与GV安装在一起,对接完后,还可在GV上实现图形界面操作,用低精度的方法和基组先初始优化一下,再用高精度的方法优化。
你也可以尝试在molden中建模,特别对于高对称性的分子
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3楼
2009-11-14 21:44:12
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yanmingsun18
铜虫
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在线: 13.8小时
虫号: 876921
注册: 2009-10-19
性别:
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专业: 金属功能材料
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小木虫(金币
+0.5
):给个红包,谢谢回帖交流
用gaussian和gaussview试试
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2楼
2009-11-14 21:35:59
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yaohua009
木虫
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虫号: 87869
注册: 2005-08-21
专业: 合成药物化学
多谢楼上2位的帮助,看来还要学"gaussian"
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4楼
2009-11-15 14:34:39
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