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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】BSSE基组重叠误差校正，输入格式，分子说明部分
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wanfei

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】BSSE基组重叠误差校正，输入格式，分子说明部分

BSSE基组重叠误差校正，输入格式，分子说明部分,我想计算儿茶素-(H2O)2和儿茶素-H2O的BSSE基组重叠误差，不 知道怎么 输入格式，在 网上看到C2 +  NO --> C2NO  

0 2 0 1 0 2
C        0.000000    1.600184    0.000000 1
C        0.000000    0.960265    0.000000 1
N        0.208401    3.031919    0.000000 2
O        1.164068    3.666273    0.000000 2

0 2 0 1 0 2分别代表总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。可是 不 知道怎么将高斯的out文件的 坐标 改为上面 坐标的 形式，另外如果是两个水，为什么两个水 的坐标不 同，希望高手 指点 ,由于初学者，希望说的 具体点，谢谢

[ Last edited by cadick on 2009-12-12 at 01:03 ]
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1楼 2009-11-12 11:36:53
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
★ ★
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-12 17:05
wanfei(金币+1,VIP+0):谢谢 你 帮忙 解决 问题 11-13 17:09
用gview保存一下，要选中write cartersians
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人生需要多少等待？
2楼2009-11-12 22:59:42
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zeoliters

木虫 (正式写手)
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 11-13 12:38
wanfei(金币+1,VIP+0):坐标问题 解决 了，谢谢 11-13 17:18
楼上已经讲的比较清楚了，先去试试。
没看懂这句话是什么意思:
“另外如果是两个水，为什么两个水 的坐标不 同，希望高手 指点 ”
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3楼2009-11-13 00:08:01
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
mingdong(金币+3,VIP+0):感谢交流！ 11-13 12:38
1、不是修改out文件，要修改gjf文件。
2、gview保存文件的时候，选择存储笛卡尔坐标，而不是内坐标。
3、两个水分子位置不同，当然坐标不同。
赞一下(10人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2009-11-13 12:04:54
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 12-13 17:03
1、不是修改out文件，要修改gjf文件。
2、gview保存文件的时候，选择存储笛卡尔坐标，而不是内坐标。
3、两个水分子位置不同，当然坐标不同。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2009-11-13 12:08:24
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wanfei

金虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 12-13 17:04
0 2
H                 -0.06271600   -0.06679000   -0.05851700
C                 -0.04691300    0.00160100    1.02859600
O                  2.37043700    0.18857200    0.97671700
C                 -1.24545600   -0.04054300    1.73586000
C                  1.17318100    0.15580600    1.68044700
H                  2.16719000    0.22726000    0.02975100
C                 -1.23582000    0.05967100    3.14686500
C                  1.21068500    0.29095300    3.08634000
H                 -2.17930000   -0.06601400    1.18490100
C                 -2.45731900    0.00662600    3.93285800
C                  0.00662500    0.23678600    3.78862500
O                  2.34068600    0.45508400    3.80802800
O                 -2.34826300    0.63602700    5.16385700
H                  0.05468500    0.33575800    4.86631500
C                 -3.64175200   -0.67507200    3.62877100
H                  3.16023700    0.53134200    3.26205900
C                 -3.41547600    0.74289000    6.01467900
C                 -4.74115200   -0.61992400    4.47608500
O                 -3.76308600   -1.44075400    2.49780700
C                 -3.20272500    1.44334300    7.19393300
C                 -4.65586000    0.15066100    5.68133600
H                 -5.60176200   -1.23376100    4.23175800
H                 -2.87227600   -1.65467700    2.17226200
C                 -4.27000200    1.57656400    8.08676300
C                 -5.71413200    0.33743600    6.60118100
H                 -2.23519900    1.87729900    7.41477800
C                 -5.52533100    1.03335400    7.79232700
O                 -4.03244800    2.26955700    9.23916400
O                 -6.96314200   -0.16797500    6.36871300
O                  4.71958700    0.42094300    2.41330600
H                 -6.36763200    1.15193500    8.46819600
H                 -7.02854900   -0.43691400    5.43969300
H                  5.04670400   -0.46072900    2.65090500
H                 -4.84674500    2.29275700    9.76532100
H                  4.18777000    0.27986800    1.60819100

这是儿茶素-H2O的 ，可是 我 看 不 出来哪个是水的 坐标，怎么 在 后面 标1还是2呀
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6楼2009-11-13 17:17:14
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8tao7

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dongdong3881(金币+1,VIP+0):多谢交流 11-13 20:52
用GaussView打开这个坐标的构型，然后把Label标上，对应你要的水编号在坐标中找到相应的就行
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有信仰，有目标，一步步地走，最终会实现的！
7楼2009-11-13 17:49:19
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wanfei

金虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 12-13 17:04
我输入的 儿茶素-H2O 文件是
%chk=2.chk

# b3lyp/6-31g* counterpoise=2

1

0 2 0 1 0 2
H                 -0.06271600   -0.06679000   -0.05851700 2
C                 -0.04691300    0.00160100    1.02859600 2
O                  2.37043700    0.18857200    0.97671700 2
C                 -1.24545600   -0.04054300    1.73586000 2
C                  1.17318100    0.15580600    1.68044700 2
H                  2.16719000    0.22726000    0.02975100 2
C                 -1.23582000    0.05967100    3.14686500 2
C                  1.21068500    0.29095300    3.08634000 2
H                 -2.17930000   -0.06601400    1.18490100 2
C                 -2.45731900    0.00662600    3.93285800 2
C                  0.00662500    0.23678600    3.78862500 2
O                  2.34068600    0.45508400    3.80802800 2
O                 -2.34826300    0.63602700    5.16385700 2
H                  0.05468500    0.33575800    4.86631500 2
C                 -3.64175200   -0.67507200    3.62877100 2
H                  3.16023700    0.53134200    3.26205900 2
C                 -3.41547600    0.74289000    6.01467900 2
C                 -4.74115200   -0.61992400    4.47608500 2
O                 -3.76308600   -1.44075400    2.49780700 2
C                 -3.20272500    1.44334300    7.19393300 2
C                 -4.65586000    0.15066100    5.68133600 2
H                 -5.60176200   -1.23376100    4.23175800 2
H                 -2.87227600   -1.65467700    2.17226200 2
C                 -4.27000200    1.57656400    8.08676300 2
C                 -5.71413200    0.33743600    6.60118100 2
H                 -2.23519900    1.87729900    7.41477800 2
C                 -5.52533100    1.03335400    7.79232700 2
O                 -4.03244800    2.26955700    9.23916400 2
O                 -6.96314200   -0.16797500    6.36871300 2
O                  4.71958700    0.42094300    2.41330600 1
H                 -6.36763200    1.15193500    8.46819600 2
H                 -7.02854900   -0.43691400    5.43969300 2
H                  5.04670400   -0.46072900    2.65090500 1
H                 -4.84674500    2.29275700    9.76532100 2
H                  4.18777000    0.27986800    1.60819100 1
结果总是错误，
********************************************
Gaussian 98:  x86-Win32-G98RevA.7 11-Apr-1999
                  13-Nov-2009
*********************************************
%chk=2.chk
Default route:  MaxDisk=2000MB
-----------------------------
# b3lyp/6-31g* counterpoise=2
-----------------------------
  QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
# B3LYP/6-31G* COUNTERPOISE=2           
                '
Last state="GCL"
TCursr=  910 LCursr=  15
Error termination via Lnk1e in d:\G98W\l1.exe.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=   13 Scr=    1
怎么改啊，另外计算出来的out文件怎么分析，谢谢了
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8楼2009-11-13 20:00:18
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 11-14 20:32
%开头的行与#开头的行中间不需要空行。
简单的说，
%chk=2.chk

# b3lyp/6-31g* counterpoise=2
中间那个空行去掉就可以了
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9楼2009-11-14 08:56:30
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wanfei

金虫 (小有名气)
去了还是不行啊
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10楼2009-11-14 10:39:25
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