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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】描述符太多了，处理后剩下200个，能行吗？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】描述符太多了，处理后剩下200个，能行吗？

原始600个描述符，去除恒值，去除零值个数占90%的描述符，去除sd<0.5的描述符后还剩下200个， 接下来用这200个进行主成份分析得出主成份在进行回归可以吗？  还有更好的方法把这200个描述符进一步减少呢？

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-13 at 17:33 ]
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1楼 2009-11-12 09:36:26
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yinjj

金虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-15 22:35
选择描述符时，一是根据专家知识选择，二是根据统计方法选择，即所谓的统计分子设计。当然二者结合也可以啊。法无定法，只要能找到具有物理化学、生物意义的应当就可以了吧。说得不好，请批评哈！
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独立之精神，自由之思想！
4楼2009-11-14 13:33:24
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yinjj

金虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-12 17:15
当然还有其它方法了，如简单的fisher法、熵法........复杂的如遗传算法、决策树之类的....................不管用什么方法，选择出来的decriptors一定要有物理意义，且要具有可解释性，这样建立的QSAR/QSPR在理论才有一定的意义啊！
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独立之精神，自由之思想！
2楼2009-11-12 19:16:22
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yinjj at 2009-11-12 19:16:
当然还有其它方法了，如简单的fisher法、熵法........复杂的如遗传算法、决策树之类的....................不管用什么方法，选择出来的decriptors一定要有物理意义，且要具有可解释性，这样建立的QSAR/QSPR在理论 ...

那是不是说，不管用什么方法，选出来的描述符对training set 和test set都有好的统计结果，且可以解释，就可以啊？ 比如说，我随便自己瞎选几个，恰巧碰上了这几过效果好，也好解释，就行。呵呵，这是极端说法了。写文章时候没有依据。
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3楼2009-11-14 01:41:00
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yinjj at 2009-11-14 13:33:
选择描述符时，一是根据专家知识选择，二是根据统计方法选择，即所谓的统计分子设计。当然二者结合也可以啊。法无定法，只要能找到具有物理化学、生物意义的应当就可以了吧。说得不好，请批评哈！

说的很好。谢谢回复。
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5楼2009-11-14 21:30:24
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