| 查看: 702 | 回复: 3 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
用简并引物扩增核心片段的结果……
|
|||
|
前几天终于把用简并引物扩增出来的片段测序出来了，满怀期望但结果却令我很是失望…… 事情是这样的： 我要做一个未知基因的cDNA克隆，现在先做核心片段的克隆，准备后面再做RACE。我用CODEHOP设计的简并引物，但没有完全按照它设计的引物，我做了一些修改。 在最近缘的物种中，我设计的几对引物的目的片段是300-490bp，在PCR扩增后，得到大小约为550bp的片段(这个应该还是可以的吧，物种之间有点差异还是比较正常的呃)。接着做好克隆测序之后，得到序列553bp(包括引物序列在内)，测序很成功，上下游引物都找到了。 但是，我把测出的序列在ncbi上blast后(用核苷酸blast核苷酸，核苷酸blast蛋白都做过)，下面出来的却没有一个信息是跟我的基因有关的，这就是说 失败了 ！ 然后我再回过头来查找原因，觉得肯定是引物有问题，然后这几天就在重新设计简并引物，可是设计来设计去，觉得也差不多就那样了吧。 所以特此发帖，跟广大虫友交流一下，大家发表一下看法，给我点建议！在此先谢过了！ PS:当初设计引物的时候，用claustal比对了蛋白质，因为我的物种的同源物种比较少（同一个目的只有一个），所以比对后发现保守性一般，但是还是找到保守的区域，连续的六个氨基酸还是有的，但是就是在这样的地方设计的。 |
回复此楼» 猜你喜欢
澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生（3个名额）地质化工冶金领域
已经有16人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有27人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有12人回复
-
静等基金结果
已经有19人回复
-
阿姨
已经有3人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有6人回复
-
filecode
已经有16人回复
-
重要来源：本周末出结果
已经有10人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有6人回复
-
不应该看fileCode
已经有9人回复
vivihao
金虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 936
- 散金: 55
- 帖子: 91
- 在线: 71.8小时
- 虫号: 806882
- 注册: 2009-07-10
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
2楼2009-11-12 15:41:23
3楼2009-11-12 21:00:36
yucheng9255
木虫 (著名写手)
- 应助: 111 (高中生)
- 金币: 1247.5
- 散金: 985
- 红花: 13
- 帖子: 1217
- 在线: 982.9小时
- 虫号: 564716
- 注册: 2008-05-27
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
4楼2010-02-18 17:09:23
