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ellaemail

新虫 (小有名气)

[交流] DNA测序结果如何比对

今天美季给我发来了DNA的测序结果图,随之而来烦恼也来了,如何对结果图进行比对?请大家帮忙解答下

[ Last edited by amisking on 2009-11-11 at 20:21 ]
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zhouxw125

铁虫 (初入文坛)


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建议楼主把问题说清楚点,
你测序是为了看克隆出来的片段是不是你要的基因呢?还是你克隆的是未知基因?
可以用一些比对软件做下比对,或者在NCBI上blast一下
2楼2009-11-11 21:09:58
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kitty8682

金虫 (正式写手)

用Bioedit,或者DNAman比对就是了
3楼2009-11-12 09:05:24
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zxx0914

金虫 (小有名气)

要是不知道是什么基因就网上比对,要是想和已知的就用楼上说的软件
4楼2009-11-12 10:21:38
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ljwei_163

金虫 (正式写手)

★ ★
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amisking(金币+1,VIP+0): 11-12 19:19
你说的测序结果图是不是测序公司给的彩图?
测序结果图就是用来作为辅助你比对用的,当你对比对结果有怀疑(发现比对结果不是你想要的)的时候,你可以看下对应的测序结果图,检查峰线是否单一,如果峰线杂乱说明测出的序列不太好.
5楼2009-11-12 10:25:46
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ellaemail

新虫 (小有名气)

我是将一些分离得到的菌进行了测序,想知道它们具体是什么样的菌,请问具体要如何对测序结果进行分析?
6楼2009-11-12 13:47:44
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qianggene

铜虫 (小有名气)


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楼主如果是测的菌液,可以先找到两端插入位点,再把中间的那段直接在NCBI上blast.
7楼2009-11-12 15:51:44
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Alvin9850

★ ★
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amisking(金币+1,VIP+0): 11-12 19:19
你测是的菌液,出来的应该是有测序图跟序列,一般彩图是用来判断测序时候信号的强弱跟清晰与否,你可以用DNAman软件,利用你的两端PCR位点,找出你要的目的序列,是未知的序列可以到NCBI上利用blast跟GENE BANK上数据比对,找出同源性高的,判断你菌是属于什么属。
8楼2009-11-12 16:25:20
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