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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » DNA测序结果如何比对
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ellaemail

新虫 (小有名气)

[交流] DNA测序结果如何比对

今天美季给我发来了DNA的测序结果图，随之而来烦恼也来了，如何对结果图进行比对？请大家帮忙解答下

[ Last edited by amisking on 2009-11-11 at 20:21 ]
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1楼 2009-11-11 20:08:18
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zhouxw125

铁虫 (初入文坛)
★
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建议楼主把问题说清楚点，
你测序是为了看克隆出来的片段是不是你要的基因呢？还是你克隆的是未知基因？
可以用一些比对软件做下比对，或者在NCBI上blast一下
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2楼2009-11-11 21:09:58
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kitty8682

金虫 (正式写手)
用Bioedit，或者DNAman比对就是了
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3楼2009-11-12 09:05:24
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zxx0914

金虫 (小有名气)
要是不知道是什么基因就网上比对，要是想和已知的就用楼上说的软件
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4楼2009-11-12 10:21:38
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ljwei_163

金虫 (正式写手)
★ ★
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amisking(金币+1,VIP+0): 11-12 19:19
你说的测序结果图是不是测序公司给的彩图？
测序结果图就是用来作为辅助你比对用的，当你对比对结果有怀疑（发现比对结果不是你想要的）的时候，你可以看下对应的测序结果图，检查峰线是否单一，如果峰线杂乱说明测出的序列不太好．
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5楼2009-11-12 10:25:46
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ellaemail

新虫 (小有名气)
我是将一些分离得到的菌进行了测序，想知道它们具体是什么样的菌，请问具体要如何对测序结果进行分析？
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6楼2009-11-12 13:47:44
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qianggene

铜虫 (小有名气)
★
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楼主如果是测的菌液，可以先找到两端插入位点，再把中间的那段直接在NCBI上blast.
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7楼2009-11-12 15:51:44
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Alvin9850

★ ★
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amisking(金币+1,VIP+0): 11-12 19:19
你测是的菌液，出来的应该是有测序图跟序列，一般彩图是用来判断测序时候信号的强弱跟清晰与否，你可以用DNAman软件，利用你的两端PCR位点，找出你要的目的序列，是未知的序列可以到NCBI上利用blast跟GENE BANK上数据比对，找出同源性高的，判断你菌是属于什么属。
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8楼2009-11-12 16:25:20
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