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杜一一木虫 (著名写手)
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[交流]
怎么把氢键的对称代码转化为数字填入cif文件？
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各位虫友好！ 本人遇到如下问题： _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A _geom_hbond_publ_flag # #D H A D - H H...A D...A D - H...A symm(A) # N1 H1A Cl1 0.8600 2.4296 3.149(7) 141.67 ? yes N2 H2A Cl3 0.8600 2.2540 3.114(2) 177.85 ? yes Cl1的对称操作是1.5+x，0.5-y，0.5+z Cl3的对称操作是-0.5-x，0.5+y，0.5-z 怎么将对称操作转换成诸如3_455或者4_766的格式？ 谢谢啦！ |
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杜一一(金币+3,VIP+0):谢谢啦！还想知道_766和_455怎么来换算呢？ 11-6 15:10
杜一一(金币+3,VIP+0):再次感谢！终于明白了！ 11-6 17:12
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-7 08:45
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eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-7 08:45
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根据CIF里面的等效点系来换算。 举例：假定你这个晶体是 P 21/n空间群，那么等效点系有 _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' 根据你提供的操作： 第一个，1.5+x，0.5-y，0.5+z，对应等效关系是4#（第四行） 换算成 4_766 第二个，-0.5-x，0.5+y，0.5-z，对应2#（第二行） 换算成 2_455 |
2楼2009-11-06 13:29:52