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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs运行出错
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs运行出错

加完离子后再运行grompp出现错误，top文件和gro文件中的数目对不上。

正好差了两个假如的离子数目。

我编辑了top文件，减去了两个SOL，数目依然对不上。

不减少时是37278-37280

减去两个SOL后是37278-37274.

我很困惑，本人新手。请高手帮帮忙。

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:35 ]
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1楼 2009-11-04 22:55:07
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-5 16:12
genion -s *.tpr -p *.top -o *.gro -${charge}name ${ion} -n${charge} ${ionNo}  -random
赞一下(11人) 回复此楼
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-11-05 12:52:36
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-8 15:50
这个你仔细看下你加离子的时候的命令就会看出问题了。因为你加离子的时候是要替换原来体系中的粒子的，你有可能是替换错了，或者是原来的.top写的不对。我刚开始用的时候也有几次数目不对，只要加离子的时候想好再打命令就可以了。
赞一下(10人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
3楼2009-11-07 23:51:50
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