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wuy069铁杆木虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】用静电势拟合原子部分电荷
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| 优化几何，得到最佳坐标，用程序对优化好的分子创建3维格点，进行电子结构计算得到每个格点的静电势，通过程序拟合这些格点的静电势得到原子部分电荷。请各位大侠多多发言，特别是对分子创建3维格点和拟合格点的静电势得到原子部分电荷。 |
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wuy069
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Molecular simulation methods have become an important technique in many areas of chemistry with the recent advent of effective and widespread software for molecular mechanics,molecular dynamics, and Monte Carlo simulations, along with procedures for the estimation of free energy differences. In all such methods, a proper description of the electrostatic interactions within the simulated system is of key importance, insofar as the electrostatics dominates the nonbonding energy between polar molecules. Electrostatic interactions can be treated at various levels of sophistication in classical simulation. |
4楼2009-11-03 21:30:14
zhou2009
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据静电势的定义：空间某点的静电势，是指从无穷远处移动单位正电荷至该点时所需做的功。 这移动的单位正电荷所受的作用是核及核外电子的综合作用，此时电荷处于暗处，并没有直接的量值，你说“通过程序拟合这些格点的静电势得到原子部分电荷”。为什么不直接对“3维格点，进行电子结构计算得到每个格点的”电子密度呢？电子密度计算很方便，象计算静电势一样方便，为什么要经过静电势来算？ 你说的“原子部分电荷”是什么意思？它有什么理论和实用意义？ 静电势总是针对全分子进行计算的，这样推算出的“原子部分电荷”也将是一个归结到该原子的综合值，将分不清该原子成键时的σ、π、pi（孤对电子）、δ等电子。 也许这样的“原子部分电荷”对计算核磁共振NMR、化学位移还是有用的，由于NMR是从原子外部探测原子核的，是核外电子的总合在起作用，反而恰好回避了区分各种电子的问题。 “通过程序拟合这些格点的静电势得到原子部分电荷”将是不容易的计算，它的准确度、可信度又将如何呢？又如何定义“原子部分电荷”和判断它的准确度、可信度呢？这分子中原子有多大空间范围属于它的呢？电荷的空间分布是与波函数分布有关的，又如何拟合？ 如果仅是想用电荷，为什么绕一个难以确定未来的大圈子呢？ [ Last edited by zhou2009 on 2009-11-3 at 20:58 ] |
2楼2009-11-03 20:46:11
wuy069
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3楼2009-11-03 21:23:12