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新虫 (小有名气)

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[交流] 想问问uu们，物质质子化前后能量变化怎么计算？

就比如含两个氮原子的芳香杂环化合物（例如吡嗪），怎么计算质子化前、一个氮原子质子化、两个氮原子质子化的能量变化呢？
我还是新手，之前没啥计算实操，希望大佬在介绍一下使用的软件

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1楼 2024-07-17 10:46:32

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计算一个过程的能量变化比如说 A+B--> C过程要把A 和 B和C分别优化出来得到能量之后用C的能量减去A和B的能量就可以了。这种用高斯就可以了。
那对于质子化的过程就是类似于这种的过程。
质子化前的能量和质子化后的分子的能量通过量化计算算出来先。然后还需要知道质子的能量才可以算出这个过程的能量。这个通过计算得不到质子的热力学量（质子自己的电子能是0）需要查文献比如这些文献给出了质子在气相里的能量 J Phys.Chem.A.118.11090 (2014)、J. Chem. Theory Comput..9. 3165(2013)。298K,1atm气相下: 质子的自由能和焓分别是
G(H+)=-26.3101 kJ/mol H(H+)=6.1394 kJ/mol 溶剂里的话还需要加上溶解自由能这个可以看这个文献 J. Phys. Chem. B, 110, 16066 (2006)，数值是-265.9 kcal/mol