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hcht2006

银虫 (正式写手)

[交流] A类错误求助

PLAT035_ALERT_1_A No _chemical_absolute_configuration info given .          ?

多谢
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世人笑我太疯癫,我笑他人看不穿。
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
通过该错误可以判断你的结构要么是不含有比S重的原子,要么是非心对称空间群,其绝对构型不能确定,应该有flack参数给予说明。
2楼2009-10-23 12:20:09
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
前几天我也遇到类似的问题,刚刚学会。
在ins里加入 MERG 3 指令平均掉所有的Friedel pairs,修正至合格,从新上传CIF和PCP文件即可
3楼2009-10-23 12:34:49
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hcht2006

银虫 (正式写手)

在cif中加入
_chemical_absolute_configuration    unk
就ok了
世人笑我太疯癫,我笑他人看不穿。
4楼2009-10-23 15:36:31
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

楼上说得对
5楼2009-10-23 21:45:45
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
修改cif文件--------------------------都用“?”
_refine_ls_abs_structure_details       ?
_refine_ls_abs_structure_Flack        ?
淡泊名利,宁静致远。
6楼2009-10-23 22:16:19
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zhousm

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
cif填写问题。
在cif中加上:
_chemical_absolute_configuration    ##。

其中## 可以是:'rm', 'ad', 'rmad', 'syn', 'unk' or '.' , 具体含义:
rm   : absolute configuration established by the structure determination
        of a compound containing a chiral reference molecule of known
        absolute configuration.
ad   : absolute configuration established by anomalous dispersion effects
        in diffraction measurements on the crystal.
rmad : absolute configuration established by the structure determination
        of a compound containing a chiral reference molecule of known
        absolute configuration and confirmed by anomalous dispersion
        effects in diffraction measurements on the crystal.
syn  : absolute configuration has not been established by anomalous
        dispersion effects in diffraction measurements on the crystal.
        The enantiomer has been assigned by reference to an unchanging
        chiral centre in the synthetic procedure.
unk  : absolute configuration is unknown, there being no firm chemical
        evidence for its assignment to hand and it having not been
        established by anomalous dispersion effects in diffraction
        measurements on the crystal. An arbitrary choice of enantiomer
        has been made.
.    : inapplicable.

按实际情况填写吧。
7楼2009-10-25 01:15:33
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244073931

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
7楼总结的全面,楼主根据自己的分子情况填上
8楼2009-10-25 07:52:15
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dongdong6930

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
在cif文件  - refine-Is-structure-factor-coef Fsqd  这一行下面中添加

_chemical_absolute_configuration  s

就可以了!
9楼2009-10-25 11:51:15
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rchen

铜虫 (正式写手)

学习  一下
10楼2009-10-26 14:06:58
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