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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【求助】请教CPMD里面坐标的问题
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wxjbuilder

木虫 (知名作家)

[交流] 【求助】请教CPMD里面坐标的问题 已有2人参与

请教一下：练习手册里day1里面的例子输入文件原子坐标和输出文件的原子坐标是如何对应的呢？凭借盒子长度和scale s=2 如何就能得到输出文件中的坐标呢？
输入文件：
&SYSTEM
  SYMMETRY
  FCC
  SCALE S=2
  CELL
  20.526204 1.0  1.0  0  0  0
  CUTOFF
  12.0
&END

&ATOMS
*Si_MT_LDA.psp  KLEINMAN-BYLANDER
   LMAX=P
   16
   0.00 0.00 0.00
   0.25 0.25 0.25
   1.00 0.00 0.00
   1.25 0.25 0.25
   0.00 1.00 0.00
   0.25 1.25 0.25
   1.00 1.00 0.00
   1.25 1.25 0.25
   0.00 0.00 1.00
   0.25 0.25 1.25
   1.00 0.00 1.00
   1.25 0.25 1.25
   0.00 1.00 1.00
   0.25 1.25 1.25
   1.00 1.00 1.00
   1.25 1.25 1.25
&END
输出文件：
****************************************************************
*                      ATOMIC COORDINATES                      *
****************************************************************
       1      Si           0.000000       0.000000       0.000000
       2      Si          -2.565776       2.565776       2.565776
       3      Si          -5.131551       0.000000       5.131551
       4      Si          -7.697327       2.565776       7.697327
       5      Si           0.000000       5.131551       5.131551
       6      Si          -2.565776       7.697327       7.697327
       7      Si          -5.131551       5.131551      10.263102
       8      Si          -7.697327       7.697327      12.828878
       9      Si          -5.131551       5.131551       0.000000
      10      Si          -7.697327       7.697327       2.565776
      11      Si         -10.263102       5.131551       5.131551
      12      Si         -12.828878       7.697327       7.697327
      13      Si          -5.131551      10.263102       5.131551
      14      Si          -7.697327      12.828878       7.697327
      15      Si         -10.263102      10.263102      10.263102
      16      Si         -12.828878      12.828878      12.828878
****************************************************************

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:27 ]
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悠悠天地，奈何独立苍茫？
1楼 2009-10-22 14:56:30
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wxjbuilder

木虫 (知名作家)
从输入文件中的坐标（x,y,z)如何转行到输出文件中的（x,y,z)？
比如输入文件中的第二个原子坐标是0.25，0.25，0.25如何转化为输出文件中的-2.565776       2.565776       2.565776
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悠悠天地，奈何独立苍茫？
2楼2009-10-22 15:23:19
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bincc

★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 19:35
wxjbuilder(金币+1,VIP+0):谢谢 12-24 10:33
wxjbuilder(金币+1):谢谢 2010-03-18 17:54
你的输入文件的坐标怎么得来的?看上去有点怪怪的即像分数坐标又像笛卡尔坐标.如果你那个没有错的话我想他们只是转化了一下单位.
一个Ang. , 一个是harrtee.
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-12-23 19:06:55
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zeoliters

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
wxjbuilder(金币+2,VIP+0):谢谢 12-24 10:34
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 10:37
wxjbuilder(金币+1):谢谢 2010-03-18 17:54
第一个坐标看起来是分数坐标，后来是cartesian坐标，不过单位不是Ang，是玻尔，1玻尔＝0.529Ang
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-23 20:28:31
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wxjbuilder

木虫 (知名作家)
这个是练习里面的例子，前面的应该和晶包有关，后面的是输出文件中给出的坐标，单位是bohr。就是不知道如何转化的。
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悠悠天地，奈何独立苍茫？
5楼2009-12-24 10:33:15
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哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)

怎么从输出文件中看结构参数

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
怎么从输出文件中看结构参数啊，好像只有原子坐标，晶格常数和夹角那些都不知道在哪
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6楼2011-02-27 10:47:34
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海韵315

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 哥是传说 at 2011-02-27 10:47:34
怎么从输出文件中看结构参数啊，好像只有原子坐标，晶格常数和夹角那些都不知道在哪

你现在CPMD学的怎么样了啊？我现在一脑子浆糊呢
赞一下 回复此楼
新的人生从此开始
7楼2014-10-19 19:58:41
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