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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎么由namd所的dcd文件坐空间分布函数SDF？
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kgodspeed

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎么由namd所的dcd文件坐空间分布函数SDF？

各位虫友，
     一直想要得到溶剂盒子中分子的空间分布信息，在得到动力学模拟的dcd文件后，
怎么进行处理数据可以得到分子的spatial distribution function呢？
     我看有的文献上讲用gOpenMole，但是里面我好像没有找到相关的选项啊！
     附上从文献中看到的图片，希望大家多多交流！
     很希望能自己也做出来这样的东西。


[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:48 ]
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走下去，总会看到属于自己美丽的！
1楼 2009-10-20 15:17:06
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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kgodspeed(金币+1,VIP+0):谢谢回复 10-21 19:55
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-22 09:21
namd 的数据分析可以在vmd 中进行
radius distribution function 有现成的工具, 别的分布函数就要自己编script了
vmd 的script 才是精华
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2楼2009-10-20 16:09:28
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kgodspeed

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009/10/20 16:09:
namd 的数据分析可以在vmd 中进行
radius distribution function 有现成的工具, 别的分布函数就要自己编script了
vmd 的script 才是精华

谢谢楼上回复，看来还是要自己努力学习啦！
不知道有没有建议，从哪方面开始？
或者有什么简单入门的书籍或资料！
先谢谢啦！！！！
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走下去，总会看到属于自己美丽的！
3楼2009-10-21 19:54:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-22 09:21
参考
NAMD 学习捷径
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html
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4楼2009-10-21 21:49:54
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kgodspeed

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009/10/21 21:49:
参考
NAMD 学习捷径
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html

恩，拜读过大作！呵呵！
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走下去，总会看到属于自己美丽的！
5楼2009-10-22 10:42:15
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