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kgodspeed

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎么由namd所的dcd文件坐空间分布函数SDF?

各位虫友,
     一直想要得到溶剂盒子中分子的空间分布信息,在得到动力学模拟的dcd文件后,
怎么进行处理数据可以得到分子的spatial distribution function呢?
     我看有的文献上讲用gOpenMole,但是里面我好像没有找到相关的选项啊!
     附上从文献中看到的图片,希望大家多多交流!
     很希望能自己也做出来这样的东西。


[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:48 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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kgodspeed(金币+1,VIP+0):谢谢回复 10-21 19:55
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namd 的数据分析可以在vmd 中进行
radius distribution function 有现成的工具, 别的分布函数就要自己编script了
vmd 的script 才是精华
2楼2009-10-20 16:09:28
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kgodspeed

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009/10/20 16:09:
namd 的数据分析可以在vmd 中进行
radius distribution function 有现成的工具, 别的分布函数就要自己编script了
vmd 的script 才是精华

谢谢楼上回复,看来还是要自己努力学习啦!
不知道有没有建议,从哪方面开始?
或者有什么简单入门的书籍或资料!
先谢谢啦!!!!
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3楼2009-10-21 19:54:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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4楼2009-10-21 21:49:54
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kgodspeed

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009/10/21 21:49:
参考
NAMD 学习捷径
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html

恩,拜读过大作!呵呵!
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5楼2009-10-22 10:42:15
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