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【求助】寻找软件：分析高斯输出的分子轨道得到轨道成分的数字结果
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寻找软件： 析高斯输出的分子轨道得到轨道成分的数字结果 |
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yjcmwgk
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erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 10-20 12:01
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2楼2009-10-20 10:52:42
zhou2009
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-23 10:29
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见本论坛maomao6972的“轨道成分分析程序”： http://muchong.com/html/200811/1078422.html |
3楼2009-10-20 19:23:54
yytsnake
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5楼2009-10-21 08:05:17
zhou2009
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6楼2009-10-21 10:00:31
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):转载？原创？ 10-21 13:20
小鱼儿1013(金币+3,VIP+0):xie xie 10-22 19:31
小鱼儿1013(金币+1,VIP+0):虽然不会 编程 但还是要谢谢你 10-23 08:36
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小鱼儿1013(金币+1,VIP+0):虽然不会 编程 但还是要谢谢你 10-23 08:36
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如下是从fchk计算轨道成份的程序，你看一下，这里用的基组是6-311++g**你根据自己的需要改一改。 # include #include #include #include #include #include #include using namespace std; void clear(stringstream & buf) { char tmp[256]; while(!(buf.eof())) {buf>>tmp; } buf.clear(); } int main(int argc,char *argv[]) { ifstream myfile; int NUM_UNMO=atoi(argv[2]); myfile.open(argv[1]); if(!myfile) { cout<<"文件读错误"; system("pause"  ;exit(1); } char buf[256]; stringstream stream; for(int i=0;i<3;i++) myfile.getline(buf,256); stream< stream>>buf; int numberofatom; stream>>numberofatom; clear(stream); //cout< myfile.getline(buf,256); stream< stream>>buf; int numberofaelectron; stream>>numberofaelectron; myfile.getline(buf,256); clear(stream); stream< stream>>buf; int numberofbelectron; stream>>numberofbelectron; //cout< { myfile.getline(buf,256); string tmp(buf); //cout< !=-1)break; } clear(stream); for(int i=0;i<(numberofatom/6+((numberofatom%6)?1:0));i++) {myfile.getline(buf,256); stream< vector for(int i=0;i int tmp; stream>>tmp; // cout< } // cout< while(!myfile.eof()) { myfile.getline(buf,256); string tmp(buf); //cout< !=-1)break; } vector clear(stream); for(int i=0;i<((numberofaelectron+NUM_UNMO)/5+(((numberofaelectron+NUM_UNMO)%5)?1:0));i++) {myfile.getline(buf,256); stream< for(int i=0;i double tmp; stream>>tmp; //convert to eV from hartree. tmp=tmp*27.21165; //cout< tmpvec.push_back(tmp); tmpvec.push_back(0.0); tmpvec.push_back(0.0); tmpvec.push_back(0.0); alphaenergies.push_back(tmpvec); } ///////////////////////////////////////// while(!myfile.eof()) { myfile.getline(buf,256); string tmp(buf); //cout< !=-1)break; } vector clear(stream); for(int i=0;i<((numberofbelectron+NUM_UNMO)/5+(((numberofbelectron+NUM_UNMO)%5)?1:0));i++) {myfile.getline(buf,256); //cout< for(int i=0;i double tmp; stream>>tmp; tmp*=27.21165; //cout< tmpvec.push_back(tmp); tmpvec.push_back(0.0); tmpvec.push_back(0.0); tmpvec.push_back(0.0); betaenergies.push_back(tmpvec); } //////////////////////////////////////////////////////////////////// while(!myfile.eof()) { myfile.getline(buf,256); string tmp(buf); //cout< !=-1)break; } //////////////////////////////////////////////////////////////////////////// //6-311++g** basis sets //C: s s p p p s p p p s p p p s p p p d d d d d //F: s s p p p s p p p s p p p s p p p d d d d d // H: s s s s p p p //////////////////////////////////////////////////////////////////////////// vector < pair < pair // the vecotr < pair for(int i=0;i int numofatom=i+1; if(atomlist<3) { coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); } else if((atomlist>2)||(atomlist<10)) { coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,0),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,1),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,2),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,2),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,2),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,2),make_pair(numofatom,0.0))); coefficientlist.push_back(make_pair(make_pair(atomlist,2),make_pair(numofatom,0.0))); } } for(int i=0;i cout< for(int j=0;j double tmp; myfile>>tmp; coefficientlist.second.second=tmp*tmp; } //read one orbital. double s=0.0; double p=0.0; double d=0.0; double s_iwant=0.0; double p_iwant=0.0; double d_iwant=0.0; for(int i=0;i if(coefficientlist.first.first==7) { if(coefficientlist.first.second==0) s_iwant+=coefficientlist.second.second; else if (coefficientlist.first.second==1) p_iwant+=coefficientlist.second.second; else if(coefficientlist.first.second==2) d_iwant+=coefficientlist.second.second; } //cout< else if (coefficientlist.first.second==1) p+=coefficientlist.second.second; else if(coefficientlist.first.second==2) d+=coefficientlist.second.second; } ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// //刚在小木虫上看到有虫友们在问怎么样得到各个原子轨道成分，也有人给出答案 //，就是用每个原子轨道系数相平方和相加除以所有原子轨道系数平方和 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// alphaenergies[j][1]=s_iwant/(s+p+d); alphaenergies[j][2]=p_iwant/(s+p+d); alphaenergies[j][3]=d_iwant/(s+p+d); } cout<<"For Alpha:"< cout< /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// while(!myfile.eof()) { myfile.getline(buf,256); string tmp(buf); //cout< !=-1)break; } for(int j=0;j double tmp; myfile>>tmp; coefficientlist.second.second=tmp*tmp; } double s=0.0; double p=0.0; double d=0.0; double s_iwant=0.0; double p_iwant=0.0; double d_iwant=0.0; for(int i=0;i if(coefficientlist.first.first==7) { if(coefficientlist.first.second==0) s_iwant+=coefficientlist.second.second; else if (coefficientlist.first.second==1) p_iwant+=coefficientlist.second.second; else if(coefficientlist.first.second==2) d_iwant+=coefficientlist.second.second; } //cout< else if (coefficientlist.first.second==1) p+=coefficientlist.second.second; else if(coefficientlist.first.second==2) d+=coefficientlist.second.second; } ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// //刚在小木虫上看到有虫友们在问怎么样得到各个原子轨道成分，也有人给出答案 //，就是用每个原子轨道系数相平方和相加除以所有原子轨道系数平方和 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// betaenergies[j][1]=s_iwant/(s+p+d); betaenergies[j][2]=p_iwant/(s+p+d); betaenergies[j][3]=d_iwant/(s+p+d); } cout<<"For Beta:"< cout< } |
7楼2009-10-21 10:14:05
yytsnake
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8楼2009-10-21 11:06:51
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