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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【求助】关于自定义cube文件的一个疑问,20金币,谢谢诸位高手

请教各位大侠:

我想计算静电势(自定义格点文件)
我所知道的方法是:
==gjf文件开始==
%chk=G:\sundries\card test\c.chk
# B3LYP/6-31+G* cube=(potential,cards)

pot

0,1
H  0.0 0.0 0.0
H  0.735396 0.0 0.0

G:\sundries\card test\pot.cube
-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200
==gjf文件结束==

我现在想用cubegen命令
如何自定义格点呢?

高斯03的说明书中关于cubegen的解释我看了,它对自定义格点的指定方法我也看懂了,跟cube一样。但是对格点的说明如何读取呢?我看貌似说是写一个格点说明文件,然后读取这个文件?
这一点说明书中貌似没给解释啊。也许是我太笨了,呵呵
谢谢诸位大侠

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 13:44 ]
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-19 20:25
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-27 20:09
你可以使用更强大的gsgrid,周专家推荐的那个。也就是sobereva专家写的小程序。
前途光明,出路难觅!
2楼2009-10-19 17:52:25
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 10-19 20:24
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-27 20:10
你用的gjf文件自定义cube是没有错的。

小小的缺点是:定义的cube起始点取-8.0,按现在的格点数和步长,要到+8.0,前面格点数是正值80,就是18Å边长。二你算的H2所展开的potential空间的有效分布大约只需边长4~6Å已足够。构建了一个过大的空间,装了一个小图形,实际上降低了作图的精度。
再,既用cube关键词,它直接会生成cube文件,可以省去%行。

如果不用cube关键词而用cubegen命令,手册上如下说,我没有这样做过。
cubegen命令的格式如下,
Cubegen  memory  kind  fchkfile   cubefile  npts  format
如果npts取0,按默认格点数等运行。
如果npts取-1,则在下面读入自定义格点文件,格式和你在cube关键词时一样,即:

-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200
3楼2009-10-19 18:02:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-10-19 18:02:
你用的gjf文件自定义cube是没有错的。

小小的缺点是:定义的cube起始点取-8.0,按现在的格点数和步长,要到+8.0,前面格点数是正值80,就是18Å边长。二你算的H2所展开的potential空间的有效分布大约 ...

您说的我都知道
呵呵
我这纯属实验性的
真正这么做,我是不会搞得这么粗糙的
呵呵

我想问的是
如果我想在cubegen命令中使用自定义格点

那么cubegen要读一个格点说明

关键是
-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200
这段说明我在哪儿输入呢?

谢谢zhou2009专家

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-19 at 19:14 ]
4楼2009-10-19 19:12:45
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by lihb734 at 2009-10-19 17:52:
你可以使用更强大的gsgrid,周专家推荐的那个。也就是sobereva专家写的小程序。

谢谢
我研究研究
呵呵
5楼2009-10-19 19:13:41
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-19 20:25
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-27 20:10
要先用G03的cube或者cubegen计算得到了cube文件之后,才能进入gsgrid取截面或进一步的运算,再去作图。
gsgrid本身不能计算得到cube文件。
6楼2009-10-19 19:18:32
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0): 10-19 20:25
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-27 20:10
我想应是:

cubegen 0 potential fchkfile cubefile -1 h

-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200
7楼2009-10-19 19:30:36
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-10-19 19:30:
我想应是:

cubegen 0 potential fchkfile cubefile -1 h

-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200

我已经试过了
不行
8楼2009-10-19 19:42:55
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

我自己已经把问题解决了。

引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-10-19 19:30:
我想应是:

cubegen 0 potential fchkfile cubefile -1 h

-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.200 0.000 0.000
80 0.000 0.200 0.000
80 0.000 0.000 0.200

问题已经解决
用cubegen,我习惯于敲一长串字符进去,所有的信息都在一行中,这样不行。
必须用以下方式才行:

D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubegen
Property [Density]? potential
Formatted Checkpoint file? G:\sundries\a.fchk
Cube file [ ]? test2.cube
Approximate points per side [0]? -1
-1 -8.0 -8.0 -8.0
80 0.2 0.2 0.2
80 0.2 0.2 0.2
80 0.2 0.2 0.2
Header in cube file [H]? h

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-19 at 19:50 ]
9楼2009-10-19 19:45:08
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匿名

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-19 20:25
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10楼2009-10-19 20:18:27
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