【求助】关于自定义cube文件的一个疑问，20金币，谢谢诸位高手 - 量子化学 - Multiwfn

11楼2009-10-19 20:26:14

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

应助: 357 (硕士)
贵宾: 0.01
金币: 18204.3
散金: 5
红花: 36
帖子: 3189
在线: 444.6小时
虫号: 92066
注册: 2005-09-08
性别: GG

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+1,VIP+0):谢谢参与！ 10-19 21:15

虽然是自己解决的，可是和高斯手册上说的一样嘛。
下面是本菜鸟从诸位大侠们的指教中做的节选。

[ Last edited by yytsnake on 2009-10-19 at 20:50 ]

赞一下(11人)

12楼2009-10-19 20:44:23

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

QC强帖: 38
应助: 165 (高中生)
贵宾: 16.999
金币: 553.8
散金: 39880
红花: 395
沙发: 2
帖子: 10406
在线: 1528.1小时
虫号: 448368
注册: 2007-11-01
专业: 理论和计算化学
管辖: 科研工具资源

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):鼓励自己解决问题 10-27 20:11

引用回帖:

Originally posted by yytsnake at 2009-10-19 20:44:
虽然是自己解决的，可是和高斯手册上说的一样嘛。
下面是本菜鸟从诸位大侠们的指教中做的节选。

[ Last edited by yytsnake on 2009-10-19 at 20:50 ]

如果你常用cubegen的命令的精简写法，即全部参数在一行中书写
cubegen memory kind fchkfile cubefile npts format
那么你很难想到居然这种写法不支持自定义格点

说明书关于cubegen的解释我都快背下来了
到几分钟前才意识到会不会是这个问题
一试，果然是
哈哈

赞一下(10人)

13楼2009-10-19 21:44:36

zhou2009

版主 (著名写手)

QC强帖: 15
应助: 337 (大学生)
贵宾: 4.053
金币: 42652.6
红花: 153
帖子: 1729
在线: 1274.7小时
虫号: 676800
注册: 2008-12-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

终于弄清了cubegen自定义格点文件操作的这个细节，我也学习了！

14楼2009-10-20 07:19:22

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

QC强帖: 38
应助: 165 (高中生)
贵宾: 16.999
金币: 553.8
散金: 39880
红花: 395
沙发: 2
帖子: 10406
在线: 1528.1小时
虫号: 448368
注册: 2007-11-01
专业: 理论和计算化学
管辖: 科研工具资源

引用回帖:

你这资料是什么？不像是说明书啊

赞一下

15楼2009-10-20 09:17:51

Joannaouc

木虫 (著名写手)

应助: 46 (小学生)
贵宾: 2.2
金币: 1686.5
散金: 894
红花: 10
帖子: 1262
在线: 266.1小时
虫号: 305787
注册: 2006-12-10
专业: 理论和计算化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

来凑热闹

贴一个我自己写的往cluster上面提交cubegen的script
--------------------------------
#$ -cwd
#$ -N cubegen
#$ -V
#$ -l q=diskless,ram=1.8G

cubegen 0 density=scf ***.fch ***.cube -1 h < -1,-10.0,-10.0,-2.0
200,0.1,0.0,0.0
200,0.0,0.1,0.0
100,0.0,0.0,0.1

EOF

16楼2009-12-12 15:37:43

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

QC强帖: 38
应助: 165 (高中生)
贵宾: 16.999
金币: 553.8
散金: 39880
红花: 395
沙发: 2
帖子: 10406
在线: 1528.1小时
虫号: 448368
注册: 2007-11-01
专业: 理论和计算化学
管辖: 科研工具资源

引用回帖:

Originally posted by Joannaouc at 2009-12-12 15:37:
来凑热闹

贴一个我自己写的往cluster上面提交cubegen的script
--------------------------------
#$ -cwd
#$ -N cubegen
#$ -V
#$ -l q=diskless,ram=1.8G

cubegen 0 density=scf ***.fch ***.cube ...

谢谢小楹楹

17楼2009-12-12 15:46:52

Derchief

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1288.2
红花: 1
帖子: 306
在线: 57小时
虫号: 601069
注册: 2008-09-12
性别: GG
专业: 力学中的基本问题和方法

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

请教一下画差分电荷作文献插图
N1, X1取多少为宜呢？

God is a mac.

18楼2010-03-21 13:23:16

zhou2009

版主 (著名写手)

QC强帖: 15
应助: 337 (大学生)
贵宾: 4.053
金币: 42652.6
红花: 153
帖子: 1729
在线: 1274.7小时
虫号: 676800
注册: 2008-12-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+6):周先生总是这么耐心 2010-03-22 13:16

关于画差分图，没有固定的数值。
这取主要决于你的分子长度有多少埃（Angstrom）。

如果你的分子长度是16埃能装下，分子中心在坐标原点。（顶端原子的波函数会延伸几埃也得考虑在内！）

按输入格式：

IFlag, X0, Y0, Z0    输出单元编号和网格原点。
N1, X1, Y1, Z1       X-方向的点数和点的间隔。
N2, X2, Y2, Z2       Y-方向的点数和点的间隔。
N3, X3, Y3, Z3       Z-方向的点数和点的间隔。

如果N取80，80，80。（N取正数表明输入数据单位为埃）
X要取-8  -8  -8，这是cube左下方的起点。一般到右上方的终点为：8  8  8。
这时步长要取0.2  0.2  0.2。

不难看出，步长0.2乘格点数80要等于16，才是一个装得下分子的完全空间。

如果分子中心坐标不在坐标原点（0，0，0），可以不取-8  -8  -8作为起点。如取-5  -5  -5，那么按步长0.2乘格点数80，将会一直走到11  11  11。长度加起来还是16。

这样调整，以将分子装在cube中间为准。
但也不要空间过大而分子过小，这样会浪费资源、降低图形的精度。

当然作图时还要对所取图的幅面进行调整，充分展现图形。
但如果你的分子根本没有在cube中装完全，是调整不出来的！

[ Last edited by zhou2009 on 2010-3-21 at 16:06 ]

赞一下(2人)

19楼2010-03-21 15:08:19

Derchief

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1288.2
红花: 1
帖子: 306
在线: 57小时
虫号: 601069
注册: 2008-09-12
性别: GG
专业: 力学中的基本问题和方法

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by zhou2009 at 2010-03-21 15:08:19:
关于画差分图，没有固定的数值。
这取主要决于你的分子长度有多少埃（Angstrom）。

如果你的分子长度是16埃能装下，分子中心在坐标原点。（顶端原子的波函数会延伸几埃也得考虑在内！）

按输入格式：

I ...

抱歉应该是我没说清楚，我的意思是，做文献插图，cube的精细程度要在多少？
换言之，步长多少埃合适？

God is a mac.

20楼2010-03-22 13:27:17