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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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[交流]
【求助】关于自定义cube文件的一个疑问，20金币，谢谢诸位高手
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请教各位大侠： 我想计算静电势（自定义格点文件） 我所知道的方法是： ==gjf文件开始== %chk=G:\sundries\card test\c.chk # B3LYP/6-31+G* cube=(potential,cards) pot 0,1 H 0.0 0.0 0.0 H 0.735396 0.0 0.0 G:\sundries\card test\pot.cube -1 -8.0 -8.0 -8.0 80 0.200 0.000 0.000 80 0.000 0.200 0.000 80 0.000 0.000 0.200 ==gjf文件结束== 我现在想用cubegen命令 如何自定义格点呢？ 高斯03的说明书中关于cubegen的解释我看了，它对自定义格点的指定方法我也看懂了，跟cube一样。但是对格点的说明如何读取呢？我看貌似说是写一个格点说明文件，然后读取这个文件？ 这一点说明书中貌似没给解释啊。也许是我太笨了，呵呵 谢谢诸位大侠 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 13:44 ] |
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zhou2009
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+6):周先生总是这么耐心 2010-03-22 13:16
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关于画差分图，没有固定的数值。 这取主要决于你的分子长度有多少埃（Angstrom）。 如果你的分子长度是16埃能装下，分子中心在坐标原点。（顶端原子的波函数会延伸几埃也得考虑在内！） 按输入格式： IFlag, X0, Y0, Z0 输出单元编号和网格原点。 N1, X1, Y1, Z1 X-方向的点数和点的间隔。 N2, X2, Y2, Z2 Y-方向的点数和点的间隔。 N3, X3, Y3, Z3 Z-方向的点数和点的间隔。 如果N取80，80，80。（N取正数表明输入数据单位为埃） X要取-8 -8 -8，这是cube左下方的起点。一般到右上方的终点为：8 8 8。 这时步长要取0.2 0.2 0.2。 不难看出，步长0.2乘格点数80要等于16，才是一个装得下分子的完全空间。 如果分子中心坐标不在坐标原点（0，0，0），可以不取-8 -8 -8作为起点。如取-5 -5 -5，那么按步长0.2乘格点数80，将会一直走到11 11 11。长度加起来还是16。 这样调整，以将分子装在cube中间为准。 但也不要空间过大而分子过小，这样会浪费资源、降低图形的精度。 当然作图时还要对所取图的幅面进行调整，充分展现图形。 但如果你的分子根本没有在cube中装完全，是调整不出来的！ [ Last edited by zhou2009 on 2010-3-21 at 16:06 ] |
19楼2010-03-21 15:08:19
lihb734
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2楼2009-10-19 17:52:25
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你用的gjf文件自定义cube是没有错的。 小小的缺点是：定义的cube起始点取-8.0，按现在的格点数和步长，要到+8.0，前面格点数是正值80，就是18Å边长。二你算的H2所展开的potential空间的有效分布大约只需边长4～6Å已足够。构建了一个过大的空间，装了一个小图形，实际上降低了作图的精度。 再，既用cube关键词，它直接会生成cube文件，可以省去%行。 如果不用cube关键词而用cubegen命令，手册上如下说，我没有这样做过。 cubegen命令的格式如下， Cubegen memory kind fchkfile cubefile npts format 如果npts取0，按默认格点数等运行。 如果npts取-1，则在下面读入自定义格点文件，格式和你在cube关键词时一样，即： -1 -8.0 -8.0 -8.0 80 0.200 0.000 0.000 80 0.000 0.200 0.000 80 0.000 0.000 0.200 |
3楼2009-10-19 18:02:32
yjcmwgk
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