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【求助】charmm程序交作业的方法
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问大家一个简单的问题： 使用charmm软件如何交作业。请指教！谢谢。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:37 ] |
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
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- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2009-10-17 17:39:24
3楼2009-10-18 10:39:03
4楼2009-10-19 09:49:24
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采用LoadLever作业脚本方式提交作业，用户需要修改输入序列和需要比对的数据库，及需要运行的节点数和每节点任务数。 [loadl@f01n01 /gpfs/home/loadl/lltest/charmm]$ vi charmm.cmd #!/bin/sh # @ job_type = parallel # @ node = 1 # @ tasks_per_node = 2 # @ requirements = (Pool == 1) # @ network.mpi = sn_all,shared,us, # @ output = /gpfs/home/loadl/lltest/charmm/charmm.$(Host).$(jobid).out # @ error = /gpfs/home/loadl/lltest/charmm/charmm.$(Host).$(jobid).err ## @ initialdir = /gpfs/application/charmm/c35b1r1/test # @ queue cd /gpfs/home/loadl/lltest/charmm cp c20test/langtest2.inp charmm.inp /gpfs/application/charmm/c35b1r1/exec/ibmaixmp/charmm < /gpfs/home/loadl/lltest/charmm/c20test/langtest2.inp 运行如下命令提交作业： [loadl@f01n01 /gpfs/home/loadl/lltest/charmm]$ llsubmit charmm.cmd llsubmit: The job "f01n01.305" has been submitted. 作业成功提交后可以看到系统返回的作业编号" f01n01.305"。 通过llq命令可以查看作业状态： [loadl@f01n01 /gpfs/home/loadl/lltest/charmm]$ llq Id Owner Submitted ST PRI Class Running On ------------------------ ---------- ----------- -- --- ------------ ----------- f01n01.305.0 loadl 2/17 14:39 R 50 small f01n10 1 job step(s) in queue, 0 waiting, 1 pending, 0 running, 0 held, 0 preempted 作业运行完毕后，结果可以在输出文件中查看： [loadl@f01n01 /gpfs/home/loadl/lltest/charmm]$ head -n 40 charmm.f01n01.305.out 谁能吧这个详细的说明一下。谢谢。初学者没能看懂 |
5楼2009-10-19 10:24:02
