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gancs7894金虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】分子对接软件如何获取及使用说明
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我是研究药物开发的一个学校老师。以前都是根据文献，设计相关的分子结构。合成以后，活性测试结果也还可以。 想用计算机辅助设计，一来充实文章，比如比较结合力、研究结合位点等，提高理论水平，文章更有逻辑性；二来，不知计算对药物设计实际的指导意义具体有多大。 目前，文献上好像autodock较常用，但听说要花钱买，不知要多少钱，如何买呢？另外，据说dock有免费的。请各位虫友指点。 还有二者的使用说明书，不知在哪里能搞到，好不好学啊，多谢。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:59 ] |
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yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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4楼2009-10-16 14:00:08
arthurii
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gancs7894(金币+5,VIP+0):多谢，请多指导，呵呵。我的邮箱gancs7894@163.com 10-16 15:22
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 22:19
gancs7894(金币+5,VIP+0):多谢，请多指导，呵呵。我的邮箱gancs7894@163.com 10-16 15:22
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-16 22:19
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AUTODOCK是免费的，google一下上主页下载就行了。说明论坛里面有，找一下就出来了。你要的话也可以留一个邮箱给我，我有些资料可以发给你。 DOCK是sybyl上的，sybyl要给钱的…… 续：东西已经发你邮箱了，请查收。 ……真不知道DOCK原来是免费的，一直见到都以为使用sybyl上的。 [ Last edited by arthurii on 2009-10-17 at 00:21 ] |
2楼2009-10-16 12:56:12
robertpeter2005
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3楼2009-10-16 13:23:35
baoer9999
铁杆木虫 (著名写手)
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gancs7894(金币+1,VIP+0):谢谢帮助 10-16 15:24
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gancs7894(金币+1,VIP+0):谢谢帮助 10-16 15:24
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分子对接（molecular docking）使依据配体与受体作用的“锁-钥原理”(lock and key principle)，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟筛选。 分子对接首先产生一个填充受体分子表面的口袋或凹槽的球集，然后生成一系列假定的结合位点。依据受体表面的这些结合点与配体分子的距离匹配原则，将配体分子投映到受体分子表面，来计算其结合的模式和亲和力，并对计算结果进行打分，评判配体与受体的结合程度。 分子对接的前提是靶点的晶体结构是已知的否则只能用COMFA/COMSIA等基于配体的软件设计了。 |
5楼2009-10-16 15:07:11
