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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs能量最小化时的错误
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】Gromacs能量最小化时的错误

在模拟时弹出错误：
A charge group moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
看到很多人说需要进一步优化你的系统，但是我这个错误是在SD最小化的第一步就弹出来的，该如何处理？

[ Last edited by aylayl08 on 2009-11-13 at 21:50 ]
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1楼 2009-10-14 21:19:17
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-23 10:27
domain decomposition
1.try "particle decomposition"
2. use smaller step size in EM
赞一下(12人) 回复此楼
2楼2009-10-22 23:02:51
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