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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS做同源模建的问题
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用DS做同源模建的问题

1.用DS做同源模建时，一个目标序列可以用两个结构模板吗？
2.如果可以这样的结果是不是比一个模板准确？
3.还有如果模建了多个亚基，怎样将它们整合到一起成为一个完整的蛋白？
三个问题，无论您知道哪个的答案，请指教一下，谢谢了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:27 ]
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1楼 2009-10-13 23:31:06
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我以前做过练习，记忆中是可以用多个结构模版的。不过很久没搞了，也不是很确定
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2楼2009-10-14 09:09:06
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童心

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以用多个模板结构，至于是否多个比一个好，其实还是看序列比对的结果，尤其是关键氨基酸（就是活性位点）的比对结果，若一个模板的同源性已经很高了，没有必要采用多个模板
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3楼2009-10-20 08:56:08
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bcl_53

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-8 15:51
1.用DS做同源模建时，一个目标序列可以用两个结构模板吗？
答：可以。
2.如果可以这样的结果是不是比一个模板准确？
答：这个可不一定，你要综合考虑目标序列和模板序列的比对结果，相似性等，特别是要看关键的残基的情况，所以这个问题的答案是具体问题具体分析没有一个确数。
3.还有如果模建了多个亚基，怎样将它们整合到一起成为一个完整的蛋白？
答：这个你试试spdbv，用它和模板merge一下试试。
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笑一笑没有什么大不了的~！
4楼2009-11-08 09:46:46
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