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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】如何批量把chemdrw类型的分子转化成smiles格式呢？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】如何批量把chemdrw类型的分子转化成smiles格式呢？

1.如题？
2.smiles格式分子如何检查对错？  通过看分子式怎么写smiles格式？多谢了

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-13 at 18:19 ]
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1楼 2009-10-13 20:00:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
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mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 10-14 00:33
(1) openbabel
(2) chemdraw可以copy as smiles、paste smiles...
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2楼2009-10-13 22:25:36
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bbslover

金虫 (正式写手)
嗯，这个chemdraw 我会使用了，openbabel没有试验呢。呵呵。
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3楼2009-10-13 23:46:56
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2009-10-13 23:46:
嗯，这个chemdraw 我会使用了，openbabel没有试验呢。呵呵。

ChemDraw是少年长拳
OpenBabel是少林易筋经
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4楼2009-10-14 00:31:29
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bbslover

金虫 (正式写手)
哈哈，openbabel看来很是强大啊？
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5楼2009-10-14 01:03:16
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-10-14 00:31:


ChemDraw是少年长拳
OpenBabel是少林易筋经

还有个问题，我有smiles格式了，如何才能转化为2D或者3D呢？
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6楼2009-10-14 01:04:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 10-14 17:36
当然是openbabel 2.2.1咯。
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7楼2009-10-14 01:38:26
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-10-14 01:38:
当然是openbabel 2.2.1咯。

好，2.2.3肯定也行咯。 不行了，我得睡觉了。多谢老汉。
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8楼2009-10-14 02:02:06
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