| 查看: 1155 | 回复: 3 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者luqing6879将赠送您 10 个金币 | |||
luqing6879木虫 (著名写手)
|
[求助]
gromas tip4p 水模型计算报错
|
||
|
大家好 我正在学习gromacs，尝试用tip4p跑216个水分子的动力学计算 我用软件自带的tip4p.gro作用输入文件，然后运行 gmx pdb2gmx -f tip4p.gro 之后在交互界面中选择15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top 之后运行 gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest 报错说 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080) does not match topology (topol.top,864) 我想这应该是我没有正确指定tip4p中的虚原子。请问应该怎么修改相关文件呢？ 谢谢大家。 |
回复此楼» 猜你喜欢
药学硕士，第一、第二作者已发表6 篇 SCI，药理方向及相关方向2026年/2027年博士申请
已经有4人回复
-
26年博士申请自荐-电催化
已经有3人回复
-
中国地质大学（北京）博士招生补录，数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业
已经有6人回复
-
收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评
已经有4人回复
-
考博
已经有5人回复
-
26年申博自荐-计算机视觉
已经有4人回复
-
药化及相关博士的申请
已经有3人回复
-
一篇MDPI论文改变了学习工作和生活
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
高雅的地刺
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1126.5
- 散金: 310
- 红花: 4
- 帖子: 583
- 在线: 263.3小时
- 虫号: 13966206
- 注册: 2019-02-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2024-01-17 15:22:08
高雅的地刺
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1126.5
- 散金: 310
- 红花: 4
- 帖子: 583
- 在线: 263.3小时
- 虫号: 13966206
- 注册: 2019-02-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
luqing68793楼2024-01-17 16:42:28
luqing6879
木虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3567.5
- 散金: 249
- 红花: 3
- 帖子: 1908
- 在线: 808.7小时
- 虫号: 614833
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 理论和计算化学
4楼2024-01-18 09:04:58