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luqing6879

木虫 (著名写手)

[求助] gromas tip4p 水模型计算报错

大家好

我正在学习gromacs,尝试用tip4p跑216个水分子的动力学计算

我用软件自带的tip4p.gro作用输入文件,然后运行
gmx pdb2gmx -f tip4p.gro
之后在交互界面中选择15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top

之后运行
gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest
报错说
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080)
                       does not match topology (topol.top,864)


我想这应该是我没有正确指定tip4p中的虚原子。请问应该怎么修改相关文件呢?

谢谢大家。
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高雅的地刺

新虫 (正式写手)

2楼2024-01-17 15:22:08
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高雅的地刺

新虫 (正式写手)

说错了,你应该用Tip4p的itp 而不是,用那个命令

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3楼2024-01-17 16:42:28
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luqing6879

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 高雅的地刺 at 2024-01-17 16:42:28
说错了,你应该用Tip4p的itp 而不是,用那个命令

请问是这样吗?
gmx pdb2gmx -f tip4p.gro -i tip4p.itp

如果是的话,我在之后用同样参数运行gmx grompp时,报的是同样的错误。
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4楼2024-01-18 09:04:58
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