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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教大虾关于DNA分子模拟的一些问题

各位大虾,最近我需要建立DNA双螺旋结构,可是pdb数据库中没有我所用的序列,请问在Gromacs中要建立这个模型时,该怎么建立,可以直接将一个从pdb数据库中搜索到的模型进行修改,变为我所需要的序列后直接导入Gromacs中吗?还有那个力场用Amber99可以吗?另外我查阅了一些文献,有用Gromacs,也有用Namd的,请问这两个在做DNA模拟方面有什么区别吗?谢谢

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 13:41 ]
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-10 22:40
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2009-10-10 11:28:
各位大虾,最近我需要建立DNA双螺旋结构,可是pdb数据库中没有我所用的序列,请问在Gromacs中要建立这个模型时,该怎么建立,可以直接将一个从pdb数据库中搜索到的模型进行修改,变为我所需要的序列后直接导入Gro ...

1.DNA的双螺旋结构也有很多种,A,B,Z。B-DNA由于是标准结构,可以通过这种软件进行构造,比如TINKER。
2.关于力场,一般amber力场均可。特殊情况适个文献的说明为准。有一片文献讲到了amber94力场的一个缺陷,可以注意一下。
3.NAMD和GROMACS均可。无大差别。gromacs的结果分析工具较多。。。。。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-10-10 22:17:15
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