24小时热门版块排行榜    

查看: 216  |  回复: 1
当前主题已经存档。

wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教大虾关于DNA分子模拟的一些问题

各位大虾,最近我需要建立DNA双螺旋结构,可是pdb数据库中没有我所用的序列,请问在Gromacs中要建立这个模型时,该怎么建立,可以直接将一个从pdb数据库中搜索到的模型进行修改,变为我所需要的序列后直接导入Gromacs中吗?还有那个力场用Amber99可以吗?另外我查阅了一些文献,有用Gromacs,也有用Namd的,请问这两个在做DNA模拟方面有什么区别吗?谢谢

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 13:41 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-10 22:40
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2009-10-10 11:28:
各位大虾,最近我需要建立DNA双螺旋结构,可是pdb数据库中没有我所用的序列,请问在Gromacs中要建立这个模型时,该怎么建立,可以直接将一个从pdb数据库中搜索到的模型进行修改,变为我所需要的序列后直接导入Gro ...

1.DNA的双螺旋结构也有很多种,A,B,Z。B-DNA由于是标准结构,可以通过这种软件进行构造,比如TINKER。
2.关于力场,一般amber力场均可。特殊情况适个文献的说明为准。有一片文献讲到了amber94力场的一个缺陷,可以注意一下。
3.NAMD和GROMACS均可。无大差别。gromacs的结果分析工具较多。。。。。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-10-10 22:17:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wujiangjie 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-16 3/150 2026-03-16 10:07 by 求调剂zz
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分,求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] (081700)化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 283求调剂,材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
信息提示
请填处理意见