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bigenid

木虫 (著名写手)

[交流] 求解：评审专家提出KEGG显著富集通路上的6个基因，但在GO富集中不显著？咋解释？

求解：评审专家提出KEGG显著富集通路上的基因，在GO富集中不显著？咋解释？
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1楼2023-09-23 09:10:40
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bigenid

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by lisaru at 2023-09-26 10:50:21
这审稿专家也是一知半解，KEGG和GO是不同的富集方式，结果当然可能不同。富集显著性与所在通路基因数目有关，KEGG和GO本来就是不同的分类方式，怎么好拿来横向比较？

学习了。
非常感谢您的解答！！
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11楼2023-09-26 22:00:15
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micro_lsp

捐助贵宾 (职业作家)
★
bigenid(金币+1): 谢谢参与
两种富集就不是一回事，有差异也是正常的。

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6楼2023-09-23 10:38:41
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走了002

新虫 (著名写手)
★
bigenid(金币+1): 谢谢参与
主要看kegg通路，go没啥意义，常规分析即可

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bigenid bigenid
7楼2023-09-23 12:46:27
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bigenid

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by micro_lsp at 2023-09-23 10:38:41
两种富集就不是一回事，有差异也是正常的。

KEGG和GO哪个更重要一些呢？
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8楼2023-09-23 17:13:54
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bigenid

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 走了002 at 2023-09-23 12:46:27
主要看kegg通路，go没啥意义，常规分析即可

非常感谢您的解答！！
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9楼2023-09-23 17:15:47
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lisaru

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这审稿专家也是一知半解，KEGG和GO是不同的富集方式，结果当然可能不同。富集显著性与所在通路基因数目有关，KEGG和GO本来就是不同的分类方式，怎么好拿来横向比较？
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10楼2023-09-26 10:50:21
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bigenid

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by lisaru at 2023-09-26 10:50:21
这审稿专家也是一知半解，KEGG和GO是不同的富集方式，结果当然可能不同。富集显著性与所在通路基因数目有关，KEGG和GO本来就是不同的分类方式，怎么好拿来横向比较？

那在分析的时候，重点强调KEGG通路，还是强调GO功能呢？哪个重要？？
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12楼2023-09-26 22:02:07
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bigenid

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 走了002 at 2023-09-23 12:46:27
主要看kegg通路，go没啥意义，常规分析即可

这么说，挖掘重点差异基因，主要从kegg通路上寻找吗？
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13楼2023-09-26 22:05:36
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wddong

铜虫 (小有名气)
加油

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14楼2023-09-26 22:13:34
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lisaru

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by bigenid at 2023-09-26 22:02:07
那在分析的时候，重点强调KEGG通路，还是强调GO功能呢？哪个重要？？...

其实都可以，根据你的研究需要，哪个能给你更明确的方向就用哪个，没有人规定必需用哪一个。一般情况，KEGG分类更细，所以信息更明确一些，我用的比较多；GO分类都是大类，所以比较宏观一些。不过两种富集分析的维度差别很大，不好横向比较，根据你的研究需求选择即可，没有统一标准。
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bigenid
15楼2023-09-26 22:51:04
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bigenid

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by lisaru at 2023-09-26 22:51:04
其实都可以，根据你的研究需要，哪个能给你更明确的方向就用哪个，没有人规定必需用哪一个。一般情况，KEGG分类更细，所以信息更明确一些，我用的比较多；GO分类都是大类，所以比较宏观一些。不过两种富集分析的维 ...

万分感谢！！ 我参考着分析一下
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16楼2023-09-27 15:39:49
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bigenid2楼
2023-09-23 09:20   回复  
zusn3楼
2023-09-23 09:25   回复  
bigenid(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by bigenid at 2023-09-23 09:20:36

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没有感觉的鱼4楼
2023-09-23 09:44   回复  
bigenid(金币+1): 谢谢参与
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水可南阳5楼
2023-09-23 10:21   回复  
bigenid(金币+1): 谢谢参与
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