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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于同源建模中的序列一致性
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于同源建模中的序列一致性

各位高手帮帮忙：

我想用经过同源建模技术得到的蛋白质模型做分子对接。

我在资料库SWISS-MODEL Repository中找到了这个蛋白质的三维结构模型，但是它的序列一致性只有20%。我想问一下各位高手，这个蛋白质三维结构模型能否用来进行一药物设计为目的的分子对接？？？如果不可行，是不是还要对这个三维结构再次进行优化啊？？？


希望大家能够多给点建议，不胜感激！！！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:48 ]
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1楼 2009-10-09 16:10:21
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
一步一步(金币+2,VIP+0): 10-9 19:21
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 21:24
分子对接和优化都可以做，只是你要有配套的生物评价体系，这样校正你的模建蛋白。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-10-09 18:13:21
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-9 18:13:
分子对接和优化都可以做，只是你要有配套的生物评价体系，这样校正你的模建蛋白。

配套的生物评价体系具体是什么？？是指对这个蛋白质三维模型的合理性评价吗？？能不能具体说说。。。谢谢了
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3楼2009-10-09 19:21:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
一步一步(金币+2,VIP+0): 10-10 08:45
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-10 12:37
1。从药物设计入手，用生物手段分子水平评价设计出的小分子能否与蛋白相互作用，如亲和力的测定，小分子剂量依赖性等
2。从大分子角度，先用模建蛋白预测功能区，通过生物点突变，或构建缺失体等验证你的模型可靠性。
3。模建的蛋白，用生物信息学手段也可以做很多工作。。。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-10-09 23:40:53
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-9 23:40:
1。从药物设计入手，用生物手段分子水平评价设计出的小分子能否与蛋白相互作用，如亲和力的测定，小分子剂量依赖性等
2。从大分子角度，先用模建蛋白预测功能区，通过生物点突变，或构建缺失体等验证你的模型可靠 ...

我想问一下：

从大分子角度考虑的话，用模建蛋白预测功能区是不是就是找出它的活性位点或活性口袋啊？？

还有就是通过生物点突变或构建缺失体等验证模型的可靠性得用哪种软件啊？？sybyl可以吗？？

谢谢tjegg
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5楼2009-10-10 08:45:12
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)
★ ★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 14:59
一步一步(金币+1,VIP+0): 11-19 08:19
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2009-10-10 08:45:


我想问一下：

从大分子角度考虑的话，用模建蛋白预测功能区是不是就是找出它的活性位点或活性口袋啊？？

还有就是通过生物点突变或构建缺失体等验证模型的可靠性得用哪种软件啊？？sybyl可以吗？？

...

DS整合了Modeler，可以做同源模建和评价。
看看吧，也有其他的软件。
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6楼2009-11-14 16:39:07
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qqsvery

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 14:59
一步一步(金币+3,VIP+0): 11-19 08:20
推荐你看一下这几个网站：
rosetta@home网站
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Folding@home
http://www.equn.com/folding/
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谎言和真实在河边洗澡，谎言先洗好，穿走了真实的衣服，真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言，却很难接受赤裸裸的真实。
7楼2009-11-17 15:24:16
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江湖俊杰

新虫 (初入文坛)
★
一步一步(金币+1,VIP+0): 11-24 09:01
一般20%也可以做对接，但你要对你的蛋白比较了解才行
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8楼2009-11-22 21:37:23
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 江湖俊杰 at 2009-11-22 21:37:
一般20%也可以做对接，但你要对你的蛋白比较了解才行

能不能说的具体点，“对蛋白质比较了解”要了解到什么程度？？除了性质、结构、活性位点及相关疾病外还需要了解哪些？？

而且我找到的那个模型是软件系统自动生成的，没有经过人为的改进，在这种情况下是否还可信？？
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9楼2009-11-24 09:04:39
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