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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 天然药物化学 » 分子对接 分子动力学相关
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咖喱儿1

新虫 (小有名气)
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分子对接 分子动力学相关
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求问一下大家采用autodock vina进行分子对接的时候，box将整个蛋白包裹进行对接，没有查找蛋白的活性位点，这种对接结果投文章的时候会有问题吗？如果要找蛋白的活性位点具体需要怎么找呢？配体所在位置即活性位点吗？如果一个蛋白有多个配体那是应该每个配体的位置都作为活性位点对接吗？第一次发帖求助，感谢大家！！

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1楼 2023-09-05 10:40:38
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果是pdb数据库里的 配体应该是活性位点

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7楼2023-09-06 07:12:55
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咖喱儿1

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by aspect3000 at 2023-09-06 07:12:55
如果是pdb数据库里的 配体应该是活性位点

谢谢回复！主要就是在纠结多配体的蛋白是不是要对接好多次还是全包裹也可以，还有就是没有配体的蛋白是不是只能全包裹。

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8楼2023-09-06 09:46:23
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18827515408

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
蛋白有多个活性位点，但是一把去对接结果中结合最低的那个位点即可，或者是打分分数最高的那个
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9楼2023-09-07 19:26:00
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blwang10214楼
2023-09-05 10:46   回复  
咖喱儿1(金币+1): 谢谢参与
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XG-WUST3楼
2023-09-05 10:44   回复  
咖喱儿1(金币+1): 谢谢参与
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Michael9892楼
2023-09-05 10:42   回复  
咖喱儿1(金币+1): 谢谢参与
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成长中的晴天6楼
2023-09-05 10:56   回复  
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壹加工5楼
2023-09-05 10:52   回复  
咖喱儿1(金币+1): 谢谢参与
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