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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】可不可以将几个protocal编到一个总的protocal里？
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 yyx19840628 的 3 个金币

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] 【讨论】可不可以将几个protocal编到一个总的protocal里？

我做DS的时候想做一系列的计算，有点类似
simulation里面的标准动力学，最小化两次，退火，跑NVT，预平衡，跑NPT。这可以编写到一个protocal 里面吗

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:25 ]
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼 2009-10-08 11:14:03
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不太明白你的意思，在simulation的protocol里面的standard Dynamics Cascade不就是你说的这个么
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2楼2009-10-09 08:05:41
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
引用回帖:
Originally posted by guoyingnba at 2009-10-9 08:05:
不太明白你的意思，在simulation的protocol里面的standard Dynamics Cascade不就是你说的这个么

standard Dynamics Cascade里面是直接预优化然后就跑动力学，我想在预优化之后加一个NVT的弛豫。
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2009-10-09 08:28:01
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yyx19840628(金币+2,VIP+0):我也下了PP，请问具体怎么调用？麻烦不吝指教 10-9 09:24
Pipeline Pilot Client里面可以调啊
没具体操作过动力学的，不过其他的protocal试过，可以做
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4楼2009-10-09 09:08:43
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-10-9 09:08:
Pipeline Pilot Client里面可以调啊
没具体操作过动力学的，不过其他的protocal试过，可以做

我也下了PP，请问具体怎么调用？麻烦不吝指教
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
5楼2009-10-09 09:23:23
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arthurii

木虫 (正式写手)
打开咯，我用的是Pipeline Pilot Client V6.1
进去里面有protocal，还有其他一系列的小操作整合成一个个小模块，你把那些从左边直接用鼠标拖到右边的大栏目里面就OK了。之后在那直接修改咯。操作很windows化得，试几下就会了。具体细节调的还是用的时候才好说，我也不知道该从哪说起
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6楼2009-10-09 13:28:44
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