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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】auto的重现性问题
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ttklwp

金虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】auto的重现性问题

autodock在做对接的时候，使用相同的参数，做出来的结果反而不一样，大家有过类似的经历么？说出来讨论下
还有有时候做dock时会出错，在中间显示energy is infinited，dock中断。如果从头再来，用同样的参数有时候能全部运算完，是不是autodock的重现性不好啊？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 22:04 ]
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1楼 2009-10-08 10:08:31
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ttklwp(金币+1):谢谢参与
ttklwp(金币+5,VIP+0):谢谢，能知道你的QQ么？以后就直接请教啦 10-8 14:57
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-30 22:12
两次结果不一样很正常，因为这是由遗传算法的性质决定的。但是这个不一样要有个度，对于小一些的分子，不一样的可能性不是很大，充其量就是rmsd的轻微差异。对于比较大的分子，很可能两次找到的构象并不相同，这个很正常，原因就是两个：这两个不同的结果其中有一个不是最低能是构象；这两个不同的结果都不是最低能量构象
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-10-08 14:33:03
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
ttklwp(金币+1):谢谢参与
ttklwp(金币+1,VIP+0):听了您的教诲，我对您的崇拜之情犹如滔滔江水连绵不绝，又如黄河泛滥一发不可收拾。 10-8 18:13
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):ttklwp盗我的版？这是我曾经对老汉的评语呐。看来老汉又多了一个铁杆粉丝了 10-9 10:58
抓一把豆子撒到桌子上，
再抓一把豆子撒到桌子上。
这两次，豆子在桌子上的分布情况完全相同吗？
赞一下(12人) 回复此楼
3楼2009-10-08 16:50:46
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009/10/8 16:50:
抓一把豆子撒到桌子上，
再抓一把豆子撒到桌子上。
这两次，豆子在桌子上的分布情况完全相同吗？

老汉每每幽默之中释真理
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-10-08 18:04:36
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ttklwp(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-10-8 14:33:
两次结果不一样很正常，因为这是由遗传算法的性质决定的。但是这个不一样要有个度，对于小一些的分子，不一样的可能性不是很大，充其量就是rmsd的轻微差异。对于比较大的分子，很可能两次找到的构象并不相同，这个 ...

听起来似乎很有道理。谢谢。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-10-09 06:59:44
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
滔滔江水连绵不绝，又如黄河泛滥一发不可收拾

长江长江，我是黄河！你那里怎么样咯？
黄河黄河，我是长江！我这里......唉呀~~~
赞一下 回复此楼
6楼2009-10-09 12:58:03
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