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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)

[交流] check cif 中出现 A 类错误No s.u. Given for Flack Parameter

Alert level A
PLAT036_ALERT_1_A No s.u. Given for Flack Parameter ..............          ?

好像是缺少Flack参数,不知道怎么整?

No s.u. Given for Flack Parameter ..............          ?

No standard uncertainty found for the Flack parameter.
When the structure refinement was done with SHELXL97-2, the likely
reason for this is a missing BASF instruction. This applies in
particular when the associated Flack parameter has the value 0.000.
No valid conclusions on the absolute structure can be drawn.



我尝试过:
1. 如果有手性且有重原子,那在修正中加入Flack指令,修正后重新产生CIF。

2. 如果没有手性,或有手性但用Mo靶做小于Si元素的结构,则可在CIF的原子信息这一栏的最后面添加一句话,如下所示:

_chemical_formula_sum                  'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_moiety               'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_weight               218.25
_chemical_melting_point                ?
_chemical_absolute_configuration       ' unk '

还有这个:
1. 非手性分子但确定为手性空间群,同样要做Flack。注意此时的HKL数据应该是没有被平均过的。在shelx程序里面设置 MERG 3,或者重新评价数据选择不平均项。

2. 既非手性分子又不是手性空间群,checking程序是不会问这个问题的,不然就要再次检查空间群是否正确了。

3. 前述里的二点里一定有一处是对的,我已经尝试过上百遍了。

都没什么效果,请问还有其他方法吗?

[ Last edited by lijianghua2007 on 2009-10-8 at 21:18 ]
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淡泊名利,宁静致远。
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

啥空间群啊?
2楼2009-10-08 12:38:00
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zhousm

木虫 (正式写手)

被你逻辑搅晕了。
3楼2009-10-08 14:22:25
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zhousm

木虫 (正式写手)

是说你的flack 参数x 没有偏差s.u.哦
4楼2009-10-08 14:26:18
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2009-10-8 12:38:
啥空间群啊?

monoclinic
P21/c
淡泊名利,宁静致远。
5楼2009-10-08 20:06:46
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)


eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 10-9 10:47
引用回帖:
Originally posted by zhousm at 2009-10-8 14:26:
是说你的flack 参数x 没有偏差s.u.哦

就是No s.u. Given for Flack Parameter ,具体的也不太明白!
淡泊名利,宁静致远。
6楼2009-10-08 20:08:34
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monoclinic

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
lijianghua2007(金币+4,VIP+0):谢谢你!你说对了! 10-10 20:10
1. 该问题是说Flack值没有偏差,只要把偏差加上就好。

2. 奇怪的是 P 21/c 怎么可能有手性。把下面这行删除
_refine_ls_abs_structure_Flack      
或在后面加一个  “ ?” 都可以。
7楼2009-10-08 21:49:39
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zhousm

木虫 (正式写手)

P21/c?
怎么可能有手性,开玩笑吧
8楼2009-10-08 22:22:23
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caty

至尊木虫 (著名写手)

小木虫潜水俱乐部名誉主席

★ ★
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 10-9 10:48
lijianghua2007(金币+1,VIP+0):辛苦了,你说得不太明白,有机会探讨! 10-10 20:12
简单地修正往往导致Flack参数没有偏差,同时指定twin matrix即可以得到偏差值
谋事在人,成事在天
9楼2009-10-08 22:33:57
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caty

至尊木虫 (著名写手)

小木虫潜水俱乐部名誉主席

如果精修时仅仅使用了一个光溜溜的twin,那么就会出现没有s.u.的情况。如果精修是使用这样的一对命令:
TWIN  1 0 0  0 -1 0  0 0 -1
BASF  0.5
Flack参数就给出偏差值。
谋事在人,成事在天
10楼2009-10-10 23:16:39
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