| 查看: 1049 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】蛋白质体积计算
|
|||
| 如果知道了蛋白质的结构，什么软件可以计算它的体积？ |
回复此楼» 猜你喜欢
国家级人才课题组招收2026年化学，材料化工 调剂生
已经有0人回复
-
河南理工大学招收材料，化工，化学调剂生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有187人回复
-
国家级人才课题组招收2026年化学，材料化工 调剂生
已经有0人回复
-
国家级人才团体课题组招收2026届化学类学硕，专硕。
已经有1人回复
-
河南理工大学绿色催化课题组招收材料，化工，化学等方向研究生
已经有0人回复
-
国家级人才课题组招研究生 （催化方向）调剂
已经有13人回复
-
[天津]中国民航大学 招收材料类研究生
已经有0人回复
-
国家大人才课题组招收化学、材料化工类2026年调剂生
已经有0人回复
-
浙师大化与材学院2026年有大量硕士研究生调剂名额 （线上 调剂）
已经有6人回复
-
吉林工程技术师范学院 材料与化工 （0856） 招收调剂
已经有1人回复
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-25 16:18
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-25 16:18
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2009-10-08 15:29:24
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 10-25 16:18
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 10-25 16:18
|
由于分子的柔性和量子性，它的体积不可能有一个定值 vmd中也没有直接计算体积的方法 可以通过多种方法估计或表征它的某个视角下的体积 1) vdW 体积 基于蛋白内部是实心的不可压缩的，可以根据各个原子的vdW 体积之和估算蛋白的体积， vdW 半径可以在力场的LJ参数中得到 2) 基团加和体积 参考叶大年在十几年前《沉积学报》上的两篇文章，里面有计算方法和数据 主要估计液态蛋白的宏观体积 3) 溶剂可及体积 就像爱迪生把瓶子放到水里面一样，可以把蛋白放到水(等溶剂)里面，看排除的水量 很重要的参数，可能有简单方法，Hole 程序就有就算管道体积的方法，可以到那里看看 [ Last edited by bay__gulf on 2009-10-7 at 12:59 ] |
2楼2009-10-07 12:56:11
3楼2009-10-07 14:05:29
5楼2009-10-08 18:42:02
