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【求助】蛋白质体积计算
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| 如果知道了蛋白质的结构，什么软件可以计算它的体积？ |
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bay__gulf
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由于分子的柔性和量子性，它的体积不可能有一个定值 vmd中也没有直接计算体积的方法 可以通过多种方法估计或表征它的某个视角下的体积 1) vdW 体积 基于蛋白内部是实心的不可压缩的，可以根据各个原子的vdW 体积之和估算蛋白的体积， vdW 半径可以在力场的LJ参数中得到 2) 基团加和体积 参考叶大年在十几年前《沉积学报》上的两篇文章，里面有计算方法和数据 主要估计液态蛋白的宏观体积 3) 溶剂可及体积 就像爱迪生把瓶子放到水里面一样，可以把蛋白放到水(等溶剂)里面，看排除的水量 很重要的参数，可能有简单方法，Hole 程序就有就算管道体积的方法，可以到那里看看 [ Last edited by bay__gulf on 2009-10-7 at 12:59 ] |
2楼2009-10-07 12:56:11
3楼2009-10-07 14:05:29
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4楼2009-10-08 15:29:24
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bay__gulf
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6楼2009-10-25 15:27:58