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sijifengsd

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[交流] 【讨论】Gromacs 不能识别的残基怎么处理？

各位大侠;
小弟在做Gromacs时候，遇到这样的问题。大分子体系中含有Groamcs不能识别的残基：
ATOM 3811  CA  PRO B 660    85.249  83.873  69.507  1.00 93.05          C
ATOM 3812  C PRO B 660    85.549  83.343  70.921  1.00 92.84          C
ATOM 3813  O PRO B 660    84.788  83.672  71.861  1.00 92.28          O
ATOM 3814  CB  PRO B 660    84.258  82.999  68.768  1.00 93.68          C
ATOM 3815  CG  PRO B 660    85.160  81.911  68.240  1.00 94.83          C
ATOM 3816  CD  PRO B 660    86.440  82.619  67.815  1.00 93.50          C
ATOM 3817  OXT PRO B 660    86.527  82.581  71.067  1.00 92.81          O
TER 3818    PRO B 660
HETATM 3819  C1  NDG C 627    16.911  52.797  16.256  1.00 83.61          C
HETATM 3820  C2  NDG C 627    15.627  52.309  15.532  1.00 84.37          C
HETATM 3821  C3  NDG C 627    14.424  53.253  15.656  1.00 85.98          C
HETATM 3822  C4  NDG C 627    14.320  53.711  17.094  1.00 88.48          C
HETATM 3823  C5  NDG C 627    15.592  54.486  17.384  1.00 86.80          C
HETATM 3824  C6  NDG C 627    15.580  55.297  18.669  1.00 86.04          C
HETATM 3825  C7  NDG C 627    16.155  50.868  13.697  1.00 83.41          C
HETATM 3826  C8  NDG C 627    15.340  50.382  12.512  1.00 84.14          C
HETATM 3827  O NDG C 627    16.677  53.546  17.472  1.00 85.05          O
HETATM 3828  O3  NDG C 627    13.242  52.564  15.286  1.00 85.49          O
HETATM 3829  O4  NDG C 627    13.143  54.506  17.319  1.00 93.02          O
HETATM 3830  O6  NDG C 627    15.327  54.476  19.797  1.00 85.22          O
HETATM 3831  O7  NDG C 627    16.981  50.122  14.220  1.00 83.54          O
HETATM 3832  N2  NDG C 627    15.923  52.100  14.133  1.00 83.07          N
HETATM 3833  C1  NDG C 628    12.523  54.254  18.538  1.00 99.18          C
HETATM 3834  C2  NDG C 628    11.209  53.485  18.332  1.00101.60          C
HETATM 3835  C3  NDG C 628    9.997  54.380  18.639  1.00102.31          C
HETATM 3836  C4  NDG C 628    10.169  55.775  18.017  1.00102.48          C
HETATM 3837  C5  NDG C 628    11.492  56.424  18.441  1.00101.97          C
HETATM 3838  C6  NDG C 628    11.316  57.665  19.281  1.00101.31          C
HETATM 3839  C7  NDG C 628    9.989  52.581  16.438  1.00105.74          C
象上面的627 和 628 残基，它们是和蛋白质的残基形成N-linked glycosylation sequences ，是成键的。如果用网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
当做小分子处理的话，得到的是加H体系，估计不能加到原来的位置了。这种情要怎么处理，恳请给个建议 !!!!!

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 22:36 ]

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似水年华

1楼 2009-10-07 09:06:08

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