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sijifengsd银虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】Gromacs 不能识别的残基怎么处理？
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各位大侠; 小弟在做Gromacs时候，遇到这样的问题。大分子体系中含有Groamcs不能识别的残基： ATOM 3811 CA PRO B 660 85.249 83.873 69.507 1.00 93.05 C ATOM 3812 C PRO B 660 85.549 83.343 70.921 1.00 92.84 C ATOM 3813 O PRO B 660 84.788 83.672 71.861 1.00 92.28 O ATOM 3814 CB PRO B 660 84.258 82.999 68.768 1.00 93.68 C ATOM 3815 CG PRO B 660 85.160 81.911 68.240 1.00 94.83 C ATOM 3816 CD PRO B 660 86.440 82.619 67.815 1.00 93.50 C ATOM 3817 OXT PRO B 660 86.527 82.581 71.067 1.00 92.81 O TER 3818 PRO B 660 HETATM 3819 C1 NDG C 627 16.911 52.797 16.256 1.00 83.61 C HETATM 3820 C2 NDG C 627 15.627 52.309 15.532 1.00 84.37 C HETATM 3821 C3 NDG C 627 14.424 53.253 15.656 1.00 85.98 C HETATM 3822 C4 NDG C 627 14.320 53.711 17.094 1.00 88.48 C HETATM 3823 C5 NDG C 627 15.592 54.486 17.384 1.00 86.80 C HETATM 3824 C6 NDG C 627 15.580 55.297 18.669 1.00 86.04 C HETATM 3825 C7 NDG C 627 16.155 50.868 13.697 1.00 83.41 C HETATM 3826 C8 NDG C 627 15.340 50.382 12.512 1.00 84.14 C HETATM 3827 O NDG C 627 16.677 53.546 17.472 1.00 85.05 O HETATM 3828 O3 NDG C 627 13.242 52.564 15.286 1.00 85.49 O HETATM 3829 O4 NDG C 627 13.143 54.506 17.319 1.00 93.02 O HETATM 3830 O6 NDG C 627 15.327 54.476 19.797 1.00 85.22 O HETATM 3831 O7 NDG C 627 16.981 50.122 14.220 1.00 83.54 O HETATM 3832 N2 NDG C 627 15.923 52.100 14.133 1.00 83.07 N HETATM 3833 C1 NDG C 628 12.523 54.254 18.538 1.00 99.18 C HETATM 3834 C2 NDG C 628 11.209 53.485 18.332 1.00101.60 C HETATM 3835 C3 NDG C 628 9.997 54.380 18.639 1.00102.31 C HETATM 3836 C4 NDG C 628 10.169 55.775 18.017 1.00102.48 C HETATM 3837 C5 NDG C 628 11.492 56.424 18.441 1.00101.97 C HETATM 3838 C6 NDG C 628 11.316 57.665 19.281 1.00101.31 C HETATM 3839 C7 NDG C 628 9.989 52.581 16.438 1.00105.74 C 象上面的627 和 628 残基，它们是和蛋白质的残基形成N-linked glycosylation sequences ，是成键的。如果用网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/ 当做小分子处理的话，得到的是加H体系，估计不能加到原来的位置了。这种情要怎么处理，恳请给个建议 !!!!! [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 22:36 ] |
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