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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 求助几个cif错误
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wangcj2009

金虫 (小有名气)

[交流] 求助几个cif错误

Alert level A
DENSX01_ALERT_1_A  The ratio of the calculated to measured crystal density
            lies outside the range 0.80 <> 1.20
            Calculated density =      1.543
            Measured density   =      0.000
PLAT312_ALERT_2_A Strange C-O-H Geometry (C-O .LT. 1.25 Ang) .....        O12     
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H6     ..  H10A    ..       1.16 Ang.
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed     
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
PLAT242_ALERT_2_B Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for        C41     
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H3B    ..  H8A     ..       1.86 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O8     -   H8A    ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O12    -   H12    ...          ?      
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1     ..  O11     ..       2.62 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O5     ..  O9      ..       2.59 Ang.
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1楼 2009-10-06 15:12:44
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haru007

木虫 (著名写手)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 10-7 13:25
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed

把mixed改成constr就行了

氢加的有问题，能理论加氢的最好理论加氢
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-10-06 21:42:53
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tiechong

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 10-7 13:25
咋这么多都是氢键的问题
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3楼2009-10-07 09:07:26
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
重新加氢，先用hadd还有HFIX等命令！
赞一下(1人) 回复此楼
淡泊名利，宁静致远。
4楼2009-10-08 11:00:49
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wangcj2009

金虫 (小有名气)
谢谢楼上的回帖 学习了
赞一下 回复此楼
5楼2009-10-08 18:46:35
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minhongnju

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
DENSX01_ALERT_1_A  The ratio of the calculated to measured crystal density
            lies outside the range 0.80 <> 1.20
            Calculated density =      1.543
            Measured density   =      0.000
在cif 里将_exptl_crystal_density_meas 0
改为：_exptl_crystal_density_meas ?
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-10-12 20:34:19
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
氢键加的不合理，应重新加氢，如果你原来是用的shelxtl加的，不妨改用wingx试一下，把氢和氧之间的距离限制在0.82 埃试一下，再不行的话，就只能是根据氢键的位置加氢，在xp里操作。
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7楼2009-10-13 14:40:54
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wangcj2009

金虫 (小有名气)
谢谢各位的回帖 问题基本解决了
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8楼2009-10-13 17:42:45
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